天启皇帝跟其他大多数的明代中后期皇帝一样，都是生于深宫，长于深宫；他也同时跟他的父皇朱常洛一样，自幼承受着极其沉重的心理负担，朱常洛有什么样的感触，这位皇太孙也有着什么样的感受，他跟他的父亲一样，也是迟迟得不到册立，迟迟得不到出阁豫教。
但跟朱常洛不同的是，朱由校在这种沉闷的空气中并没有消沉下来，他依然有着孩童般的天真，他喜欢四处戏耍，甚至爬到树上去掏鸟窝。万历四十三年梃击案发生后，在紫禁城神宗召见群臣庄严肃穆的环境下，朱由校居然也东张西望，后来被万历一声厉责。
朱由校是一个十分聪明的孩子，这种聪慧程度超过了他的父亲和祖父。天启元年，内阁首辅叶向高上疏说：“我皇上聪明天纵，朝讲时临，真可谓勤政好学之主矣。尝见皇上发拟本章，每多传谕，以此仰窥圣心留神庶政。臣等欲一一言之，则不胜其烦，欲默而不言，则又失辅弼之职。皇上尤于燕闲游豫之时，览观经史，深戒怠荒，此宗社苍生之大幸也。”
叶向高认为天启聪颖好学，早上的经筵时常出席，皇帝对政事的处理也很频繁，但叶向高也同时劝诫天启在闲暇的时候也要多读书。
叶向高的上疏实际上对天启聪颖、好学表示了赞同，另一方面，也透露了一个信息，那就是天启平日里贪玩。天启在回疏中是这样说的，“朕在宫中，每日披阅文书，览诵经史及祖宗训录，兼时事忧劳，何有多暇？卿为辅弼元老，正赖责难陈善，匡朕不逮。览奏具悉忠悃。”
天启表示他在宫中多批阅奏章，诵读经史，十分操劳，并没有多余的时间，叶向高作为元辅，就应该匡正朕的得失。
杜车别在《对天启皇帝评价》一文中写道，天启在军事、边事上自有一套理论，在某些方面甚至超过了统兵的边帅。天启六年，宁远兵备佥事袁崇焕上疏说在关外依靠修城屯田就可以让后金投降，天启接到奏疏后批示道：
“作何给授，使军民不相妨？作何分拨，使农战不偏废？作何演练，使农隙皆兵？作何更番，使营伍皆农？作何疆理，足以限戎马？作何收保，不致资盗粮？一切事宜，该抚悉心区处具奏。这本内说，奴子不降，必定成擒，诸臣诸不乐闻。以朕计之，奴未必降，降不足信也；战必能胜，胜无轻谈也。蹈实而做，需时而动。正也，奇在其中矣。该抚饶为之，亦善为之。”
天启的意思就是告诫袁崇焕老老实实做好实事，少搞一些大言不惭的把戏。此时天启只要二十一岁，处于深宫之中的他，其头脑冷静和务实态度已经远在中年人袁崇焕之上。
天启四年，皮岛总兵毛文龙的一份塘报说，女真人有跟蒙古人勾结，从喜峰口入关的可能性，天启接到塘报后批示道：
“上谕内阁，朕览登莱巡抚塘报，准平辽总兵官毛文龙揭前事。为屡获活夷，斩首级，得获鞑马夷器等件。虽功微小，实挫贼锋。其复辽之基，端在斯乎。朕心岂不嘉悦。外呈称奴酋与亲信奸人李茂隆等，昼夜商议，欲以贿买西虏，更换旗帜，借路潘家口等处，进攻谋逆。朕思奴酋所谋，其志不小，更甚于昔也，倘以假道长驱，为害非浅，是以朕不无东顾之忧。卿等传示兵部，作速马上差人前去传与枢辅，总督镇巡，当详计塘报，作何料理？作何策应？筹度周全，务保无虞。其沿途各路，并东征将士，俱要仔细防御，谨慎备尝。及各隘口守把将官，都要昼夜不时防守。还仔细盘诘进贡出入进攻夷人，其中恐有奸细夹带情形。仍传户工二部，并专督辽饷等官，详确毛帅，如果缺粮乏器真情，并拨船及应用器械，一并速发解去军前应用，不得迟滞，有误军机，责有所归。特谕。”
然而天启的老师孙承宗却看不出这份塘报里面的厉害性，对潜伏的危险无法预计，孙承宗说道：
“奴狡而计稳，必不出此。又恐关城谓虏由他道，便可缓防，以为声东击西之计。”
事实证明，崇祯二年，皇太极的确率军从喜峰口入关，由此可以看出，天启在一些问题上的看法比孙承宗更加成熟，这大概是由于两人不同的人生经历所导致。天启是在险恶的环境下，不断提防人的环境下成长，而出身缙绅的孙承宗走的是进士、翰林院这条线，并无实际政务经验，所以，两人对待同一问题得出不同的结论也就不奇怪了。天启年间，辽东局势稳定下来了，正是皇帝冷静的头脑所起的作用。
天启不仅能对一些事情做出独立判断，而且对于边事还十分关心。他为了获取真实的边报，便时常让东厂的人前去刺探，《明熹宗实录》对于朱由校发内帑给边军的记载也是比比皆是，而且为了解决早已存在的财政支付问题，天启除了保持万历朝征收商业税的政策不变之外，还对农田的买卖征税，这一方面扩大了财源，另一方面还抑制了土地兼并，从这点可以看出这个小皇帝在制定政策方面的针对性。
天启除了对军事、国事关心之外，他对身边的人也很好。他将自己的奶娘封为“奉圣夫人”，为了避免自己的老师孙承宗受党争所害，他对孙承宗也严加保护，除此之外，他对皇后张氏和信王朱由检也是维护的。由于张皇后和朱由检不喜欢魏忠贤和客氏，多次在朱由校面前说魏忠贤和客氏的坏话，所以，客氏和魏忠贤一直想找皇后和朱由检的麻烦，但是由于天启的维护，无论客、魏二人掀起多么大的风浪，两人都能如堤坝一般屹立不倒，从而使客氏、魏忠贤知难而退。
《明季北略》中记载了这么一件事情：
“顺天府丞刘志选，劾后父张国纪，上下旨切责。后贤明，客氏忌之。上幸后宫，顾几上书一卷，问何书？后曰：赵高传也。上默然。忠贤怒，次日伏甲士于便殿，上搜得之，送厂卫。忠贤诬后父谋立信王，欲兴大狱。王体乾曰：‘上凡事愦愦，独于兄弟夫妇间不薄，脱有变，吾辈无类矣’。忠贤惧，乃杀甲士以灭口。”
原来皇后张氏曾将客氏叫到宫里训斥一顿，并多次让皇帝处理魏、客两人，但皇帝对客氏有感情，加上皇帝需要魏忠贤制衡文官，所以，天启对张皇后说的这件事一直是治之不理。眼见皇帝维护了自己，魏忠贤便散播流言，说皇后是强盗孙二的女儿，而不是张国纪的女儿。接着，魏忠贤便指使顺天府丞刘志选弹劾张国纪，哪知道，天启根本不去管这些乌七八糟的事情，直接降职斥责刘志选。
这件事情过去没多久，皇帝来到皇后的宫中，发觉桌案上有本书，上书《赵高传》，皇帝知道皇后要表达什么，他没说什么便离开了。不久，皇帝在殿上发觉几个带着兵器的人，皇帝便让人将这几个人带到东厂审讯，审出来的结果是这几个人受张国纪指使，要杀掉皇帝，然后立信王为帝。这件事情自然搞笑，张国纪放着好好的国丈不当，要帮助一个跟自己关系更远的信王。
司礼监秉笔太监王体乾对魏忠贤说道：“这件事情你搞的有些离谱了，虽然皇帝平日里对你不闻不问，但并不代表你什么事情都可以做，当心灭你九族。”
王体乾的话使魏忠贤如梦方醒，他终于找准了自己的位置，然后将他指使的那几个人杀了灭口。
除了这些特点外，这位年轻的皇帝还有心灵手巧的特点，明太监刘若愚在《酌中志》中写道：
“先帝好驰马，好看武戏，又极好作水戏，用大木桶、大铜缸之类，凿孔削机启闭灌输，或涌泻如喷珠，或澌流如瀑布，或使伏机于下，借水力冲拥圆木球，如核桃大者，于水涌之大小般旋宛转，随高随下，久而不坠，视为戏笑，皆出人意表。
圣性又好盖房，凡自操斧锯凿削，即巧工不能及也。又好油漆匠，凡手使器具皆御用监、内官监办用，先帝与亲昵近臣如涂文辅、葛九思、杜永明、王秉恭、胡明佐、齐良臣、李本忠、张应诏、高永寿等，朝夕营造，成而喜，喜不久而弃，弃而又成，不厌倦也。且不爱成器，不惜天物，任暴殄改毁，惟快圣意片时之适。当其斤斫刀削，解服磐礴，非素昵近者不得窥视，或有紧切本章，体乾等奏文书，一边经管鄙事，一边倾耳注听。奏请毕，玉音即曰：‘尔们用心行去，我知道了’。”
从上面这些叙述中我们可以对天启有个大致了解，他聪颖、好学，对手工业有着异乎寻常的兴趣，他对军事、边防尤其关心，而且会有自己的独立判断，他头脑冷静，不人云亦云，他是个有情有义的人，在某些方面，不像万历那样薄情寡义。更令人钦佩的是，他有着独特的治国手段，当他发觉文官难以驾驭的时候，便启用魏忠贤这个强权人物加以制约。但我们也明显看出，这个皇帝跟嘉靖一样喜欢隐藏在幕后指挥着一切，在很多时候，他更喜欢不闻不问，充当一个重大纠纷最后仲裁的角色，他的内心阴暗、狠毒，幼年的成长经历培养了他早已洞悉一切的能力，或许帝国发生的一切事情都不能在这个孩子心中激起任何波澜。
当朱由校继位后，他并不像他的父亲那样对这些帮助过自己的文官产生一丝一毫的感激，他很快发现文官们的特点，而司礼监掌印王安却又跟外廷一体，在这种情况下，当务之急是除掉王安。
天启元年，朱由校念王安有拥戴之功，便将王安由司礼监秉笔升为掌印，而王安对朱由校处理熊廷弼、杨涟一事不满，便对担任司礼监掌印一事坚辞不就，客氏和魏忠贤乘机在天启面前进谗言，说王安对圣上不满，这样的人绝不能用。对于魏、客二人，必须治王安于死地，如果此次没能成功的话，将来王安与外廷联手一定会置自己于死地，李选侍就是一个例子。对于朱由校来说，他对王安的态度也感到不满，他也不希望内外廷联成一体来约束自己。在魏忠贤的安排下，王安被贬到南海子，南海子是皇家猎场，此时的南海子的总管是李选侍宫中的太监刘朝，因为李选侍曾经栽在王安手里，所以，魏忠贤将王安安排到这里，其目的可想而知。
在魏忠贤的授意下，刘朝不给饭王安吃，但附近的村民敬重王安的为人，便偷偷送一些食物，刘朝发现后，便将这些村民喝退。王安又偷偷挖了一些胡萝卜藏在袖子里面，等没人注意到的时候再偷偷吃，刘朝已经等的不耐烦了，便让人直接处死了王安。
当魏忠贤将王安“病死”的消息告诉天启的时候，这位皇帝知道是怎么回事，但他也懒的去问，装作不知道算了。
王安的悲剧的根源在某种程度上是跟汪直、刘瑾、怀恩、冯保等宦官一样，那就是跟文官联系过于紧密，身为宦官，没能认清自己的职责。帝王的思维自然是从全局考虑，任何妨碍这一思维的人和事，无论亲情还是恩情，都会舍去。
万历皇帝向来对东林党没有好感，他们的问题在于善于占据道德制高点来打击一切政敌，而且这个党派的人大多以道德君子自称，实际上并无实际的政务经验。从万历中期一直到万历末期，皇帝对这个党派的人都是严防死守，但是到了光宗皇帝继位，形势顿然改观。
由于在“国本之争”中，东林党人出力很大，所以，朱常洛对东林党人引以好感，在他的任用下，万历朝被斥退的东林党纷纷回归朝堂。天启继位后，仍旧坚持这一用人方针，东林党人刘一璟、韩爌加入内阁，吏部、户部、礼部、兵部皆被东林党人把持，邹元标、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗这些东林大佬们也把持了都察院，但此时的东林党人似乎并不想就此罢手，因为内阁还有位首辅方从哲在。
方从哲虽然籍贯浙江，但他却是在北京长大，严格说来他并不是浙党，他实际上是一个在各个政治团体之间舞蹈的人，但既然不肯跟东林党同流合污，东林人自然不会放过他。弹劾的理由仍然是红丸案与移宫案，说方从哲在处理崔文升、李可灼，以及逼李选侍移宫上态度暧昧。
泰昌元年，礼部尚书孙慎行上疏说，方从哲指使李可灼进献红丸，即便方从哲没有“弑君”之意，但也有“被弑”之实；在移宫案上，众人让李选侍移宫，唯独方从哲迟迟不愿实行。
与此同时，内阁的韩爌也上疏要求对三案重新定案，要求对崔文升、李可灼、郑国泰重新进行处分，此次，内阁阁臣与部院遥相呼应，的确是大明朝少有的事情。在三案已经定案的情况下，现在不仅连红丸案和移宫案重新翻了过来，就连五年前由万历亲自定案的梃击案也翻了过来。从这点上，我们可以明显看出东林党翻旧案后面的党争色彩。
在东林党人猛烈的攻击下，方从哲有些吃不消了。朝政已经全部东林党人掌控，方从哲一人是独木难支，而皇帝刚登基，对于一些事情还没有理出头绪，暂时也只能按照惯性走。而东林党中的温和派韩爌跟方从哲私下里达成协议，让方从哲致仕了事。方从哲一走，跟东林党走的较近的叶向高第二次成了内阁首辅。
虽然东林人纠住三案不放，但有一个事实他们没有搞清楚，那就是天启皇帝对此态度如何？事实上，皇帝早就对此案没兴趣了。“梃击案”是万历亲自定的案，“红丸案”是泰昌定的案，朱常洛让方从哲奖赏崔文升、李可灼就是这个意思，而“移宫案”则是天启亲自定的案。而现在东林人说打人的张差是郑贵妃指使，那实际上就是给万历定的案子给否定了，而东林党对红丸案的翻案更是公开表明朱由校的父亲是被人毒死的，这些对朱由校来说都是无法接受的。
朱由校一直认为他的父亲之所以死亡是因为有旧病，皇帝一再强调自己的父亲“素有旧疾，嗣因皇帝宾天哀痛，劳瘁过伤，以致医药无效”，不仅如此，皇帝还替崔文升、李可灼辩解，说他们是“进药不效，殊失敬慎，但亦臣子爱君之意”。
从皇帝自己的话来看，朱由校对光宗妃子李氏也多维护，他曾经说道：“朕今奉养李氏于岁鸾宫，月分年例，供给钱粮，俱仰尊皇考遗爱，无不体悉。外廷误听李党渲谣，实未知，朕心尊敬李氏之不敢怠也。”
当御史杨涟上疏历数李氏罪恶的时候，天启又解释道：“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵；厚养选侍及皇八妹，以尊皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣。”
从皇帝的语气中我们可以发现，虽然皇帝对文臣弹劾李选侍的奏章随声附和，但他明显不想再理此事，所以，不断以“知道了”、“李选侍，朕已经责罚了”等话语来搪塞。
虽然如此，但御史杨涟就是听不出弦外之音，他还是坚持他的老一套，一定要皇帝就此事给个说法，并将李选侍比作武则天，要求皇帝对李氏重处。杨涟的行为被客氏和魏忠贤看在眼里，两人开始合计整杨涟。
魏忠贤散布流言蜚语，说由于杨涟等人不断的没事找事，李选侍自尽了，李选侍唯一的女儿皇八妹投井死了，实际上，两人都好好活着。接着，魏忠贤又煽动御史贾继春说杨涟勾结司礼监秉笔太监王安逼走方从哲，自己想当首辅。
此时的杨涟被搞的百口莫辩，他只有采取以退为进的策略，泰昌元年（1620年）十二月，杨涟向朱由校打了辞职报告，朱由校此时对杨涟已经有些烦了，便批了杨涟的辞职报告。这样一来，不仅杨涟惊愕，就是东林党人也惊愕，他们没想到杨涟真就这么莫名其妙的回家了。
从天启元年正月开始，不断有东林党派系的人上疏要求召回杨涟，朱由校都没有理会。朱由校本来对扶其上位的东林党人颇有好感，但东林党人纠住三案不放，颇令他皱眉头，另外，杨涟和其他的几个官僚总是在给皇帝的上疏有意无意的提醒皇帝他们在朱由校登基过程中所立下的功劳，这些也构成朱由校反感他们的理由。
在李选侍问题上，皇帝与文官看待的角度不同，李选侍胁迫朱由校只是想要个封号，皇帝考虑的是全局，他不会注重后宫这些婆婆妈妈的事情；但从文官那里来说，情况就不同了，他们要维护儒家礼法，这是他们为什么紧紧咬住李选侍不放的重要原因。
除了在李选侍问题上，文官们喋喋不休的吵闹也同样令皇帝反感。天启二年二月，皇帝下旨吏部、都察院：
“上谕：朕览科道官，屡疏纷嚣，全无正论。辽左继陷，皆因经抚不和，以致官民涂炭。朕深切惊忧，昨张鹤呜慷慨自请视师，具见忠义为国。江秉谦妄言乱政，已从轻薄罚，今又结党渎奏，各逞已见。不恤国家之急，臣谊何在？尔部院便传与大小各官，以后务要虚心，协力共图宗社大计。将当行事，务着实整理，毋事空言。再有仍前乱言，溷淆是非的，决不姑息。”
皇帝的意思是辽东都失陷了，这些大小官员整日吵闹不休，拿不出一个切实可行的应对方案，故而下旨斥责。
皇帝的斥责自然全是放屁，大小官员仍旧是吵闹不休，不久皇帝又下旨斥责：
“上谕吏部都察院：朕自御极以来日夕冰兢，守我祖宗之法，惟恐失坠。每见科道各官屡次纷嚣，前有旨，不许擅出私揭。昨览报，又见揭帖，显是不遵。全无为国为民，肆行狂噪，嚣讼弗已，是何景象？其中是非公论难泯，自奴酋发难以来，徵兵转饷，军民涂炭已极，皆因偏见党论，致使经抚不和，故将辽左疆土尽行失陷。未见恢复奇谋，朕深痛恨。新进后辈，遽司耳目，全无秉公，专行报复，逞意妄言，淆乱国政。本当杖褫。姑从轻薄惩，已后科道各官俱要虚心尽职，共襄国事。再有结党排诬的，朕遵祖制宪章决不姑息。”
应该说皇帝对外廷的评价是相当有水平的，完全超过了其祖父万历，将万历想说而说不出来的话都说出来了。尤其是“全无为国为民”、“嚣讼弗已”、“皆因偏见党论”、“全无秉公，专行报复”、“逞意妄言，淆乱国政”这几句总结的非常到位，但皇帝对文官的处罚也是隔靴搔痒，跟他的祖父一样，通常只是罚俸了事，大小臣工仍然是喋喋不休，眼看三案翻不动，他们便将矛头对准了魏忠贤，而皇帝依托着魏忠贤也渐渐显出了他的辣手。
天启三年是朝局转向的关键一年，从这一年开始，皇帝逐渐改变东林政局的局面，开始向朝臣中任命一些非东林党人士。先是让顾秉谦代替孙慎行担任礼部尚书，接着又让顾秉谦、魏广微入内阁，而此时魏忠贤也提督东厂，很快又选用反东林党人士郭巩、阮大铖担任给事中。这些都是明确的信号，山雨欲来风满楼，东林这些官僚们感受到了吗？很快，受东林党排挤的齐、楚、浙、昆以及从东林内部分出来的赣党纷纷投靠魏忠贤，从而形成一个整合后的阉党，东林党的命运再次扑朔迷离起来。
汪文言是安徽歙县的一名库吏，因为偷盗仓库被判流放，逃至京城后，结交了王安，充当东林党和王安之间的联络人。天启四年四月，刑科给事中傅魁弹劾御史左光斗、给事中魏大中，说他二人勾结汪文言乱政。汪文言属于在东林党人中间居中联络之人，掌握着大量东林党人活动的秘密，阉党拿这样一个小人物开刀实际上是有考量的，他们是想通过汪文言在东林党身上打开一个缺口。
接到奏疏的魏忠贤下令逮捕汪文言，关进镇抚司严加审讯，试图让他乱咬人。汪文言究竟来路不正，关键时刻东林党人开始弃卒保帅，纷纷上疏撇清跟汪文言的关系。与此同时，左光斗、魏大中也上疏攻击傅魁，说傅魁公报私仇，紧接着，首辅叶向高竟也上疏替左光斗、魏大中辩护，希望能将此事淡化处理。天启接到叶向高的奏疏，也只是说了些不痛不痒的话，所有的人似乎都在等着审讯结果。
经验告诉某些人，一味的傻等绝不是最佳方案，内部的运作才是最佳选择。东林党人惴惴不安，他们知道一旦汪文言供出来了什么，那就是自己末日的到来。御史黄尊素找到了负责此事的锦衣卫同知刘侨，刘侨跟黄尊素交好，而且跟一些东林党人也有来往。魏忠贤考虑周全，到来头没想到却输在了这个岔路上，在刘侨的干涉下，锦衣卫没审出任何名堂，汪文言被无罪释放，紧接着，魏忠贤迅速撤除了刘侨职务，换上了自己人。
天启四年四月份的这场争斗，由于刘侨的作用，东林党人暂时躲过去了，但双方已经是洞若观火，东林党人似乎是骑虎难下，在这场政治斗争中没有退缩者，必须勇往无前扳倒对方才能赢得最终的胜利。
历史上的权臣大都由皇帝支持，皇帝支持他们是出于政局平衡的需要，有些事情帝王不方便去做，便让他们去做。所以，拌倒权臣并不是依靠反对者的强悍，而是要捕捉到那个点，也就是皇帝对其厌烦的那个点，从而抓住时机一击而中。
对于东林党人来说，这个时机很快来到，五月份，魏忠贤因为在皇帝面前骑马得罪了天启，天启便让他回家住几天。东林党人认为这是皇帝对魏氏厌烦的信号，他们便推动御史杨涟上疏弹劾魏忠贤。
杨涟是天启元年致仕，天启三年，皇帝又将其召回，杨涟丝毫没有吸取上次事情的教训，这次又当了别人的靶子，只是这次运气不会再这么好了。事实上，东林党对这件小事情完全是一种误判，皇帝赶魏忠贤回家绝不意味着皇帝对他厌烦，实际情况恰恰相反，皇帝对他的圣眷只是刚刚开始。
对于杨涟上疏一事，东林党内部也有不同看法，他们认为杨涟作为党内翘楚，倘若一击不中，则没有回旋的余地，还不如让小臣试探着攻击，倘若有戏，再让大臣上疏弹劾。但个性急躁的杨涟已经等不及了，六月一日，左副都御史杨涟将写好的奏疏递进了宫里去。接到奏疏的宦官顿时倒吸一口凉气，此份弹劾魏忠贤的奏疏措辞之激烈前所未有，完全是匕首见红，不给人一点余地，杨涟完全是一副要杀人的模样。
杨涟在这份奏疏中列举了魏忠贤的二十四大罪状，从魏忠贤的出身一直谈到魏忠贤平日里所为，并说魏忠贤欺负皇亲国戚，害死了皇帝宠爱的妃子，皇后流产也是他下的黑手，杨涟最后总结道，现在人们只知道有忠贤，而不知道有皇上，所以请皇上立即将魏忠贤明正典刑，并让“奉圣夫人”搬出去住。
门房的宦官看完了此疏便连忙将此疏转交给了魏忠贤，魏忠贤看完此疏大惊失色，他连忙拿着此疏找到内阁次辅韩爌，内阁首辅叶向高和次辅韩爌虽然也属于东林派系，但由于俩人位高权重，所以俩人也不敢跟底下的小臣走的太近，但魏忠贤认为老奸巨猾的叶向高不会替他说话，所以他就找到了韩爌，令他失望的是，韩爌根本就不买账。事情到了这个份上，魏忠贤只有去找皇帝解决。
魏忠贤在天启面前大哭，天启看完奏疏不禁怒从心起，他知道这份奏疏就是对着他来的，魏忠贤是他用的人，现在杨涟弹劾魏忠贤实际上就是弹劾皇帝，这点已经很明显了。朱由校知道必须要保住魏忠贤，这是关系到他权力的问题，一旦在魏忠贤这里顶不住，那么他自己的结局只能是像他的祖父万历皇帝那样。
皇帝降旨对杨涟进行了斥责，说杨涟捕风捉影、造谣中伤，无论杨涟弹劾魏忠贤的理由如何冠冕堂皇，这些都构不成皇帝丢弃魏忠贤的理由，天子处罚宦官的理由往往只有一个，那就是宦官结交外臣，很显然，魏忠贤在这个问题上并没有触犯天子的忌讳。
东林党人一击不中，便希望叶向高能出头，叶向高作为首辅自然跟他们考虑的角度不同，叶向高反对廷臣们这种激烈的方式，这种方式不仅于事无补，反而使事情更加糟糕，这就是阁臣与廷臣总也谈不拢的原因。
叶向高自有他的处事方式，叶向高说，魏忠贤并非像人们所认为的那般使坏，有一次皇帝要爬梯子抓鸟，魏忠贤没让他爬，还有一次皇帝要赏赐小太监衣物，魏忠贤认为这不符合规制，阻止了这件事情。叶氏的这番言论一旦打出，顿时舆论大哗，东林党人没有想到叶向高竟然说出此番言论，杨涟带头来到叶府上破口大骂。此时，继杨涟弹劾魏忠贤一事已经过去十天了，叶向高必须要表态了。
六月十一日，叶向高上了一个折子，折子中没有对魏忠贤进行过分指责，只是提到目前舆情激愤，希望皇帝将魏忠贤免职了事。实际上此议跟杨涟说的要杀了魏忠贤并无什么区别，都是让皇帝折了一只臂膀，天启既然不满意，就下了一道旨意对叶向高此议否定了。
叶向高才知道自己这次彻底失算了，自己的和稀泥不仅令东林党不满意，也令皇帝不满意，老谋深算的叶向高开始思索补救措施，他令人放出流言，说自己的上疏是受东林党人所逼，并非自己所愿。不管皇帝相信不相信叶向高的说辞，这件事情似乎已经过去了。
这件事情根本就没有过去，投靠阉党的诸党分子和魏忠贤，以及司礼监掌印太监王体乾一致同意恢复自嘉靖朝以来中断的本朝旧制——梃杖，如何处理东林党，帝国已经达成了共识。
工部郎中万燝负责朱常洛陵寝的营建工作，但是缺铜，有人告诉万燝说宫中的破铜烂器堆积如山。实际上并无此事，所以魏忠贤接到万燝请求拨给铜器的奏书后便没有理睬。魏忠贤的态度触怒了万燝，本来这个时候正是文官反对魏忠贤关键时刻，现在自己想要一些破铜烂铁也得不到满足，万燝一怒之下上了一道奏疏，大骂魏忠贤，这样一来，内廷精心准备的梃杖之刑首先对付到了万燝身上。
天启下令将万燝杖责一百，这一百杖打得非常重，基本上就是往死里打，打完后，万燝还有一口气，回家四天后死去。
这件事情没过去多久，又发生林汝翥事件。御史林汝翥是首辅叶向高的外甥，因为杖打了几个犯事的太监，被司礼监掌印王体乾和魏忠贤得知，两人命宦官去抓捕林汝翥，提前得知消息的林汝翥逃出了京城，宦官们找不到林汝翥，便包围了叶向高府，找叶向高要人，虽然这件事情最终以林汝翥回到京城而告终，但它却对叶向高的刺激很大。叶向高知道了自己这个首辅在皇帝心目中的位置，他更知道自己在东林人那里也沦为笑柄。
万历四年，叶向高已经失去了舆论的同情，七月，叶向高离开朝堂回到家乡，皇帝赐予路费，还派专人护送，虽是如此，叶向高内心依然是波涛起伏，他仍旧在纠结于朝堂之上的是是非非。历史发展到了这里，这种飘忽的体制已经使得首辅的任何调和统统归结于失败，它只能在血淋淋的冲杀中才能获得重生。
叶向高的致仕对于东林人来说就是一个明确的信号，他们终于发现这个年轻的皇帝不是一个和善的主，但他们绝不甘心就此放弃权力归隐山林。在接下来的廷臣会推中，东林党人仍旧是从团体内选拔，这惹怒了天启皇帝，他在给廷臣的旨意中以“朋党”定义东林党，此举基本上给这个团体定了性。大明朝的舆论似乎第一次向君主倾斜。
叶向高离职后，韩爌接任了首辅，但内阁三辅顾秉谦、四辅魏广微都是阉党分子，紧接着，朱由校又发布了一道诏书，以更激烈的言辞来斥责东林党，皇帝指责他们“内外连结、呼吸答应、盘踞要地、把持通津、念在营私、事图颠倒、朋比为奸、恣行愈甚、将使朕孤立无与而后快”，天启的话有如一通暴风雨一样，“噼里啪啦”将东林人士打懵了，无论杨涟等人如何善辩，此刻似乎再也无话可说，高攀龙、赵南星愤而辞职，这样东林人士控制的部门只剩下吏部和都察院，由于吏部尚书赵南星，都察院左都御史高攀龙已经离职，所以吏部便会推吏部侍郎陈于廷担任吏部尚书，都察院副都御史杨涟担任都察院左都御史，报上来的结果又令天启愤怒，因为这对于他来说仍旧是东林党引用私人，他干脆将陈于廷、杨涟以及参加会推的其他东林党官员一股脑免职了事，此时留在朝堂上的东林党只剩下内阁首辅韩爌一人。事实表明，东林党人的阵地不在庙堂，而在民间，在民间，他们可以通过煽动市民起来抵抗皇权，但如果皇帝煽动了更底层的民众起来，那么结果又该如何呢？但我们在17世纪的中国并没有看到这一现象。
此时的内阁阁臣有首辅韩爌、次辅朱国桢、三辅顾秉谦、四辅魏广微，韩爌是东林党人，朱国桢属于中间派，顾、魏两人是阉党的骨干。从嘉靖以后，由于权归内阁，所以首辅开始位高权重，票拟权基本上都控制在首辅手中，其他阁臣基本上只有建议权而没有决策权，如今韩爌既为首辅，他的票拟也多数不对朱由校的心思，朱由校便下了一道旨意，要求韩爌在拟票的时候跟其他阁臣共同商议，如此以来就是通过顾、魏二人架空韩爌。韩爌看到自己也得不到皇帝的信任，阉党那种逼人的态势一天比一天强烈，他似乎也明白了叶阁老的处境，便在天启四年秋天离开了朝堂。对于韩爌的离职，天启丝毫没有挽留，反而催促他快点离职，这些阁臣跟藩王一样，一旦到了离开的时点，则是半天也不得停留。政治的势力与冷漠，人情的冷暖都在这一刻显露无疑，可是谁又不是置身其中呢？
韩爌走后，按照轮序的原则，次辅朱国桢接替了首辅，他吸取韩爌的教训，对政务不管不问，完全交给顾秉谦、魏广微去折腾，但这也不能使其独善其身。在天启朝的内阁中，任何人想尸位素餐是不可能的，朱国桢终于明白了，自己跟叶向高、韩爌相比，并不比他们高明多少，在天启四年的年底，朱国桢便也致仕了。
天启四年的这场轰轰烈烈的斗争以东林党的全面失败而告终，但它远远还没有到结束的时候。
魏忠贤害怕东林余孽卷土重来，所以有必要将所有的东林党徒罗列一遍，以免有漏网之鱼。从天启五年开始，各种版本的东林党名单开始流传，其中最出名的是归安县韩敬编写的《东林点将录》，这篇《东林点将录》按照梁山一百单八将的形式搜集了108个东林党成员排了一个座次，位列第一位的就是托塔天王李三才，再加上其他107个成员，可以说此份名单既形象直观，又能将东林党人一网打尽，创作者可谓是挖空心思，魏忠贤有了这样一番名单在手，在日后的斗争中自然有了针对性。尤其是那些隐藏在东林党内部的人，这次完全暴露在阳光下面，日后每一个臣僚的上疏，魏忠贤都会按照这份名单比对；每一次吏部会推，魏忠贤也会按照这份名单比对；遇到京察年，魏忠贤更会按照此份名单比对，这样才能做到知己知彼。
魏忠贤的担心是害怕东林党卷土重来，自己能在这个位置上呆多久还不知道，或许他也知道皇帝的身体不行，一旦东林党回炉，那面临的将是更大的发弹，魏忠贤开始赌上了他的地位，赌上了他的生命，赌上了他的千古名声，不管他于公还是于私，此刻他已经不管不顾了。
经过阉党成员的集体谋划，他们还是打算沿着天启三年的思路走下去，那就是还是要从汪文言这里打开缺口。按照阉党们的想法，汪文言作为官场中的运作份子，一定干有不少阴私之事，只要拿住他严刑拷打一定能获取有利信息，一旦拿到口供就能凭此抓人。
天启五年正月，阉党授意左都御史乔应甲上疏炮轰东林党，弹劾担任南京户部尚书的李三才收受汪文言贿赂，紧接着，大理寺丞徐大化又上疏重提移宫案，他说“杨涟自恃是光宗留下的顾命大臣，和御史左光斗一起勾结内侍王安，逼迫李选侍移宫，这置先帝于何地，汪文言本是一罪犯，奈何能授中书舍人，昼夜游走于尚书、都宪、侍郎、科道之家，还有杨涟、左光斗之人不追究熊廷弼丧师失地之罪，反而收其贿赂予以营救”。
从后面的发展态势我们可以看出，阉党最终抓住了东林党人收受熊廷弼家人贿赂一事大做文章，最终将几个东林党首魁判死，关于熊廷弼一事我们后面还要详细论述。
天启接到徐大化的奏疏后立刻下旨逮捕汪文言进京，其实这个案子审不审意义已经不大，东林党人接受熊廷弼家人请托是人所尽知的事情，但魏忠贤还是想将案情扩大。
三月份汪文言被押解进京，被关进锦衣卫镇抚司，汪文言受刑不过，供出甘肃巡抚李若星花了五千两银子托他活动巡抚这一职位，天启听说后立即将李若星削职为民，这个结果显然不能令皇帝满意，魏忠贤便指使锦衣卫逼供。
这次阉党的斗争性非常有针对性，他们知道“移宫案”是一个大而空的话题，只要抠住东林党接受熊廷弼贿赂这一事件就可以了。锦衣卫指挥使许显纯暗示汪文言往杨涟、左光斗身上攀扯，此时汪文言已经被打得昏死过去，许显纯开列了一个长达二十人的名单，上面罗列了受贿数字，还包括收受杨镐的贿赂。许显纯让汪文言在这份供状上画押签字，然后就拿着它去找魏忠贤了。
朱由校看见审出了口供，便让人将杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章六人抓捕进京，为了防止汪文言翻供，魏忠贤指使许显纯将汪文言秘杀。
魏忠贤让许显纯将杨涟等六人关进镇抚司诏狱后开始严刑拷打，让杨涟等人承认指定的数字，杨涟等人受刑不过，只得承认。所以，最终审定的结果是杨涟接受熊廷弼贿赂二万两，左光斗收了二万两，周朝瑞收了一万两，顾大章收了四万两，袁化中收了六千两，魏大中收了三千两。
天启既然坐实了六人的罪名，下一步就是追赃，面对如此数额巨大的款项，六人自然拿不出来，天启命锦衣卫追赃又厉害，结果六人全部活活惨死狱中。既然以纳贿的罪名判定六人，那么现在六人既死，追赃还得继续，所以皇帝又下旨继续追赃，六人的家产全部没收，不仅搞的六人的家庭家破人亡，还连累了他们的族人，为了凑齐“赃款”，他们家乡的民众也纷纷捐款。
天启五年阉党与东林党的对决弄的帝国腥风血雨，帝国似乎又重回专制时代。本来天启打算重用东林党人，魏忠贤也希望跟这个团体搞好关系，甚至在皇帝面前说赵南星的好话，但东林党人总是纠住“三案”不放，试图将皇帝操纵在手中，并最终陷皇帝于不义之地。在这种情况下，天启在方从哲和叶向高都不能用的情况下，只得用魏忠贤充当一个缓冲区，东林党人的结局其根源还是在于自身过于跋扈，这场争斗并没有结束，它在天启六年导致了第二次苏州民变。所有这一切并不重要，它重要的是导致了另一人蒙受千古奇冤，并导致帝国在错误的辽东战略上越陷越深。
