崇祯三月十九自杀的消息传到南京是四月十二日的事情。南京作为帝国的陪都，自有一套班子系统，就这样帝国的首都在王朝运转200多年后又回到了这里。
南京的官僚一方面在举办崇祯的丧事，另一方面则在准备拥立新的继承人。崇祯的儿子们都不知去向，天启又没有子嗣，所以继承人只有从万历的子嗣中找。按照伦序规则应该是福王朱常洵的长子朱由菘，在洛阳城破的时候，他逃了出来，如今正在江苏淮安。但万历弟弟朱翊镠的儿子潞王朱常淓也从卫辉逃了出来，此时也在淮安。按照伦序规则，皇位当然应该由朱由菘来继承，但很不幸，东林党人和复社的人反对，他们提名朱常淓继承。从这里我们可以看出，万历初年，东林党人依托儒家继承规则发动对万历的政治攻击，到如今，他们自己又违反这一继承规制，可以说是自抽耳光。无论这个团体的人是怎么想的，我们知道了又一场国本之争在帝国的南方政治版图上上演。
此时南京掌权的主要是两人，一是兵部尚书史可法，另一人是凤阳总督马士英。史可法作为左光斗的门徒是典型的东林党人，而马士英作为周延儒的门人则属于阉党体系的，而且马士英掌握兵权，所以从这方面来看即便是到了南明王朝，东林党人复出的希望仍然很渺茫。
如果在立储问题上历史再站在东林系文人的立场上来说话，那么就显得比较无聊了，无论如何，所谓的“阉党”分子这次的确站在了道德制高点上。马士英的提议得到了江北四镇四位将军的支持，他们是高杰、刘良佐、黄得功、刘泽清，他们聚集在太监韩赞周家宣布了效忠朱由菘的誓言，当然了，还有那位阉党的骨干分子阮大铖。
五月份，马士英用军队将朱由菘送至南京城，到了此时，东林党人不得不低头了。崇祯十七年（1644年）五月三日，朱由菘即位监国，十五日，即皇帝位，是为弘光皇帝。史可法以兵部尚书兼内阁首辅，此时内阁还有三人，分别是户部尚书高弘图、翰林院学士姜曰广、凤阳总督马士英，看起来内阁四人除了马士英外其他三人都是东林党，似乎成一边倒之势，但事情并不是这样，因为此时帝国已经重回勋贵和武将时代。
马士英在朝中得到诚意伯刘孔昭、忻城伯赵之龙的援助，这都是手握兵权的勋贵，当帝国重回南京后，你会发现这里突然有很多跟朱元璋一齐打天下人的后世子孙，他们继承着先辈们的爵位，经过二百多年的养尊处优，在当地已经是树大根深，成为一支左右政局的力量，这些都会给东林党的执政带来麻烦。虽然力量的对比有利于非东林人士，但吏部尚书张慎言是东林党人，这就意味着东林党人掌握着会推大权。
马士英自然不甘于在外面晃悠，他要进入朝堂掌握大权，而东林党人也希望史可法去外面带兵，可以说双方各有所需，当马士英进入朝堂担任首辅的时候，史可法便去了江北总督兵马。
当帝国重回南方的时候，在江北设立了四镇，四镇总兵分别为高杰、刘良佐、黄得功、刘泽清，每镇士兵的编制为3万人，每位士兵年饷20两白银，此外还有左良玉在湖北的5万军队，以及南京京营的六万军队，这样算下来帝国在南方总共有兵力23万，史可法所需要去督促的就是驻扎在江北的四镇兵马。
史可法的离去点燃了第二次学生运动。第一次学生运动是崇祯十一年南京太学生沈寿民上疏反对杨嗣昌添兵加饷、增税招抚政策引起的，继而导致南京的太学生发表《南都防乱公揭》。《南都防乱公揭》的发表使得这一学生运动达到顶点，所谓“南都”就是指南京，“防乱”就是防“逆党”之乱，“逆党”就是指被崇祯定性的“阉党”。复社的这些太学生们认为逆党成员都是主张跟满洲议和，主张对农民军安抚，所以对这些人应该坚决打击，防止他们卷土重来。《南都防乱公揭》就是在这一背景下发表，学生们对逆党的戒备并不是空穴来风，因为受逆党案牵连的前吏科给事中阮大铖正在南方活动，居中联络逆案中的同僚。《南都防乱公揭》于崇祯十一年八月份公开印刷流传，上面有复社的140人签名。《南都防乱公揭》的发表的确起到了预期的作用，因为在崇祯一朝，逆党案始终没有翻过来。
如今史可法离去，第二次学生运动又爆发了。南京的太学生们以“秦桧在内，李纲在外”掀起了抗议马士英的浪朝，此次上疏有350人签名，比第一次学生运动更为浩大。不用说，复社的太学生们将马士英比喻成了秦桧，史可法比喻成了李纲。
形势似乎又回到了天启初年，东林党人对非本党人士进行疯狂打击，大有不灭之誓不罢休之势，而这些非东林人士的反扑已经是势所必然。事实证明，东林党和复社对于诸如温体仁、阮大铖这样既阴险又有着很强活动能力的异见人士有着刻骨的仇恨和锲而不舍的戒备。而处于风暴中心的马士英很快要跟阮大铖结成牢固的联盟发动反扑。
马士英跟阮大铖很早以前就认识，此次马士英能入阁，阮大铖也出力不少。到了六月份，马士英、南京守备太监韩赞周、刘伯温的后人诚意伯刘孔昭带着阮大铖见了弘光皇帝，弘光让马士英票拟任命阮大铖为兵部侍郎。此举遭到了东林党人，内阁阁臣姜曰广的强烈反对，他说任命大臣必须得到六部九卿会推才行。接着，东林党的在朝官僚纷纷反对阮大铖入仕，甚至有人将崇祯二年定的阉党名单重新递上，以提醒阉党名单里有阮大铖的名字，与此同时，在崇祯朝已经被销毁的《三朝要典》也被人递了上去。到了此时，明眼人已经看出来了，此事已经越搞越大，搞不好要对崇祯朝所钦定的逆案进行全面翻盘，帝国的政治版图再次扑朔迷离起来。
当阮大铖声泪俱下的在弘光面前揭露东林党人是如何对郑贵妃和老福王进行迫害的时候，当阮大铖绘声绘色描绘东林党如何对自己进行谩骂、攻击的时候，弘光便授予了阮大铖兵部右侍郎职位，并让他巡视江防。当阮大铖复出，对于东林党人来说的确不再那么美妙。很快，东林的反对派找到一个新的理由，那就是当北京城陷落的时候，一些东林系和复社的官僚投身大顺政权，而当李自成败退北京之后，他们其中的一些人又回到了南方，其中就有陈名夏、项煜。
阮大铖说他们是大顺政权派来的特务，要求进行清查。就这样经过紧锣密鼓的准备，崇祯十七年十二月正式发布顺案，处分共分六等。
一等磔。有宋企郊、牛金星等十一人。
二等斩秋决。有光时亨、周锺等四人。
三等绞拟赎。有陈名夏、项煜等七人。
四等戍拟赎。有钱位坤、侯恂等十五人。
五等徒拟赎。有宋学显、方以智等十人。
六等杖拟赎。有潘同春、李等八人。
就这样顺案作为抵制东林党重提逆案而被提了出来，并最终扩大化，从崇祯十七年到弘光元年，东林党人再次被打翻在地。顺案对于弘光政权的消耗是巨大的，当那些正人君子们投降李自成的消息传到江南，人们都惊讶了。所有人都对这些信奉儒家纲常的叛徒感到愤怒与不解，尤其是当人们听说这些降顺的东林党人甚至将李自成比作尧舜，并劝说李自成速速平定江南的时候，人们更感到齿于此类人为伍。周锺的好友黄淳耀听说周锺降顺后，巨大的反差让他无法接受，居然病倒。巨大信仰崩塌的反差在江南掀起一场地震，这些降顺文官的家人、亲朋好友再也没脸见人，任何象征家族荣耀的牌匾、祠堂皆被愤怒的学生们砸毁，甚至他们的房子也被人放火焚烧，无论顺案中的人日后是投降李闯还是满清，他们在历史上，甚至包括他们的后代都被判了死刑。
顺案的发生使得一部分打算南下的官员就地投降满清，已经回到南方的官员在家乡呆不下去，纷纷逃了出去，有的逃向湖广的左良玉大营唆动左良玉发动兵变，还有的人跑到扬州的史可法大营。
在制造顺案打击东林和复社的同时，马士英、阮大铖又着手翻逆案，并重新出版《三朝要典》。但这些都被弘光抵制住了，虽然马阮的理由冠冕堂皇，虽然东林党反对弘光登基，但朱由菘无疑还是否决了马阮的提案，关于此事，朱由菘早就有言在先，对于崇祯二年打击阉党的逆案，原则上不做翻案，除了极个别有才能有特殊需要的人。
虽然大的框架被朱由菘敲定，但个别逆案中的成员复归政界已是势所必然，除了阮大铖担任兵部侍郎外，张捷开始担任吏部尚书，蔡奕琛担任吏部侍郎，杨维垣担任通政使。
弘光朝，马阮集团对东林和复社的打击绝对不仅仅只是依仗顺案，这种打击是全方位的。他们联络宗室、勋贵、宦官发动对东林和复社的全面排挤，这种排挤对南明政权的伤害是无疑的，它降低了这个政权的凝聚性，使得这些受打压的人纷纷投入满清或者大顺，再或者跑到左良玉和史可法那里去煽动。
当大明王朝半壁江山沦陷后，“文官误国”的言论开始在南方流传，一些勋贵们开始提议仿照国初让勋贵们参与治国。因为国初朱元璋就让魏国公徐达担任丞相，所以他们提议让刘伯温的后人诚意伯刘孔昭担任内阁大学士，此举遭到东林党人的强烈反对。
崇祯十七年，当吏部会推的阁臣名单都是文官的时候，勋贵与文官的矛盾终于爆发。五月二十三日，魏国公徐达后人徐弘基、安远伯柳升后人柳祚昌、信国公汤和后人汤国祚、诚意伯刘伯温后人刘孔昭、忻城伯赵彝后人赵之龙跑到朝堂上大发不满。刘孔昭还拔出小刀追赶吏部尚书张慎言，被弘光喝止后，刘孔昭“嚎嚎”大哭。
朱由菘说道：“朝廷用人都由吏部负责，这是规制，朕也没有办法，不过授予你们纠劾之权，你们看如何？”
朱由菘此举实际上允许勋臣们参与属于科道官员纠察的权力，虽然勋贵们对此满意，但是文官们又不干了。内阁阁臣高弘图、姜曰广强烈反对，说此举会搞乱政治，在这种情况下，弘光只得收回勋贵们的纠劾权。
虽然这场勋贵与文官们的斗争以勋贵们的失败而告终，虽然弘光也想借武臣、勋贵们压制文官，但它也释放出一个信号，当明王朝驶入弘光朝，由于北朝的崩塌，文官政治在帝国已经汲汲可危，勋贵政治、武将政治、豪强政治正在重新显现。
虽然勋贵们没有取得相应的权力，但他们跟马士英、阮大铖一起对东林党和复社的人进行詈骂，安远伯柳祚昌将张采骂成“复社之凶”，将杨廷枢骂成“至贪至横之举人”，将顾杲骂成“极险极狂之监生”。更令人感到不解的是，阮大铖居然勾结钱谦益，将钱谦益也拉拢到阉党这边来了，钱谦益也跟着阮大铖和这些勋贵们对东林和复社进行谩骂。时间到了南明，党争不仅不休，而且越来越激烈。
朱由菘并不是一个想做皇帝的人，他也是无奈被扶上帝位，当他君临天下的时候，他也希望能够稳定住局势，所以他一再询问大臣们有何良策来应对江北的防务，但弘光王朝早已经是一盘松散的象棋，勋贵、武将、豪强、权臣无不削弱着这种文官政治。
东林党自然不是任人宰割的鱼肉，在阮大铖炮制顺案的同时，他们就一直在反击。这个时候，双方的斗争有意思了，基本上是你打你的，我打我的，我不会针对你抛出的议题进行解释。你提逆案，我提顺案；你提顺案，我接着提阉党。
崇祯十七年（1644年）秋，京城出现一首儿歌，内容是：“相公止爱钱，皇帝但吃酒。职方贱如狗，总督满街走。扫尽江南钱，填塞马家口。”这样一来，东林党编的儿歌不仅将马士英、阮大铖骂了，就连皇帝也骂了，事实上，这个时候街头巷市已经流传关于弘光的种种负面新闻。
接着，礼部尚书顾锡畴上疏称马士英、阮大铖为阉党，弘光不理。顾锡畴见弘光不理，又上疏要求弘光取消崇祯对温体仁的封谥，又为弘光不理。接着跑到左良玉军中的官员怂恿湖广巡按黄澍上疏弹劾马士英十大当斩罪状，马士英、阮大铖一直想翻逆案，不翻逆案就很被动，但一直被弘光压着，到了如今，面对东林系咄咄逼人的态势，马、阮二人开始炮制新的名堂来打击政敌。
阮大铖将东林和复社的人编成两本名录，一作《蝗蝻录》，另一作《蝇蚋录》。阮大铖将东林和复社人比作蝗虫、苍蝇、蚊子，《蝗蝻录》收录的有十八罗汉、五十三善财童子、七十二贤圣菩萨。《蝇蚋录》收录的有八十八活佛，三百六十五天王，五百尊阿罗汉。这样算下来，被阮大铖列入黑名单的一共有一千多人，他大概就是从复社《国表》中抄录来的。
阮大铖炮制两录是将借此将东林和复社的人搜集一空，打击一空，他甚至指派东厂的侦缉开始捕人。当形势险峻的时候，东林和复社的人开始了绝地反击，他们一方面炮制新三案来攻击朱由菘继位的正统性，另一方面怂恿左良玉发动兵变。
旧三案是指梃击案、红丸案、移宫案。梃击案是东林党人为了打击郑贵妃，确立太子地位而炮制的；红丸案、移宫案是东林党为了在万历死后控制朝政所纠缠的事情。这三件事情本来是政治事件，结果却被阉党用来修《三朝要典》，并定义为三案。
弘光朝在新阉党咄咄逼人的态势下，东林和复社人开始运作大悲和尚案、童妃案、真假太子案开始了绝地反击。崇祯十七年底，南京西城兵马司接到守门士卒来报，说有一自称法号大悲的僧人说他是崇祯的儿子定王朱慈炯。弘光听说后立刻让提督京营的忻城伯赵之龙、锦衣卫冯可宗讯问。
定王朱慈炯还是个孩子，所以这个和尚不可能是定王，但是赵之龙非常高兴，他希望能将这件匪夷所思的事情往东林和复社上面靠。
和尚说道：“我是定王，如今国家有变，所以我出家了。本来这个皇位应该是我的，但我不感兴趣，福王荒淫无道不应该居此位，我闻潞王贤明，这皇位理应由潞王继承，我劝尔等速速让福王逊位。”
事实表明，这又是一个精神不正常的人，这已经是帝国发生的第四次以牺牲智障人士来搅乱政局的事件。听完大悲和尚的话，赵之龙感到好笑，他便说道：“定王还是个小孩子，你怎么可能是定王？”
大悲和尚听这么一问，自己也觉得失言，他又说道自己是万历的儿子，是万历跟宫女所生，所以一直寄养在民间。赵之龙又问他认识朝中哪些大臣，他说他认识申时行和钱谦益。
大悲和尚说的话肯定是有人教他说，但由于此人属于智障人士，所以并没能按照原话表达出来，但他说出了钱谦益，这应该是指使者让他这么说。我们前面说过，这个时候钱谦益已经跟阮大铖勾结在一起，成了东林的叛徒，所以东林将这件事情往钱谦益身上攀扯也很正常。最后经过刑部审讯，才得知大悲和尚乃是徽州一朱姓人士，在苏州某寺出家。
阮大铖认为这是个机会，他让大悲和尚往史可法、高弘图、姜曰广、张慎言身上咬，而且还开列了一串长达143人的名单，让大悲和尚指证这143人是幕后指使。但弘光皇帝明显不想这么做，马士英也不希望这样，结果这件事情只好以将大悲和尚处死作罢。
当大悲和尚案处理没多久，就闹出童妃案。弘光元年，河南巡按御史陈潜夫上奏称有一童氏女子自称是弘光昔日在藩邸的王妃，现已正派人送往南京。
朱由菘听说后大怒道：“朕元配黄氏，续配李氏，黄氏早死，李氏在贼兵破城后自杀，何来童氏？”
这位童氏在一路被护送南京途中举止轻浮，她始终以皇后自居，沿途各州县衙门皆将她作为皇帝的妃子进行礼遇，但她动耶对地方官员破口大骂，甚至在吃饭的时候掀翻桌子，当沿途官员跪在轿子外面的时候，她甚至掀开轿帘露出尊容喊出一声“免礼”。地方官员皆窃笑，看来众人心里都有数，但却又没有人揭穿。
童氏到了京城后即被关进锦衣卫诏狱，弘光并不理睬她，不久她即病死或饿死。虽然童妃案以一场近乎荒诞的戏剧收场，但民间舆论沸沸扬扬，人们皆说弘光皇帝薄情寡义，抛弃糟糠之妻。
童妃案不久之后，又发生了真假太子案。由于北京城破后，崇祯的三个儿子朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤下落都成了谜，估计散落民间的可能性较大。弘光元年，当南明政权正在认定三个皇子已经殉难，而且要确定谥号的时候，鸿胪寺少卿高梦箕却忽然奏称先帝太子朱慈烺从北面来了，现在正在杭州。
原来去年十二月间，高梦箕家奴穆虎从北方南下的时候遇到一少年，少年举止高贵，两人结伴而行，到了夜晚脱衣就寝的时候，穆虎发现这个少年内衣上织有龙纹。穆虎询问，少年说他是太子。到达南京后，少年来到孝陵突然伏地痛苦。高梦箕对此深信不疑，于是便将他送往杭州照看。
这少年到了杭州，时间长了便露出富贵的神态，他谈吐不俗，仰首阔步，杭州市民皆对他不能等闲视之。
弘光听完高梦箕的表述，大为震惊，连忙令太监李继周去杭州找这个少年。李继周在金华浦江的观音寺内找到这名少年，那少年正在面壁作观。李继周扑通一声跪在地上说道：“奴婢叩见小爷。”
少年闻听，转过身来，打量了李继周一番，缓缓地道：“我认得你，但遗忘姓氏。”
李继周说道：“奴婢姓李，贱名继周，曾服侍过小爷。现奉新皇爷旨意，迎接小爷进京。”
少年问道：“迎我进京做甚，让帝位给我吗？”
李继周道：“此事奴婢不知。”
接着李继周便将这位少年带到京城。
弘光帝听说少年到了，便令从北边来的张姓和王姓太监前去察看，两名太监一见到少年便立即跪在地上抱着他的双脚嚎啕大哭。两人见少年天寒地冻衣着单薄便一齐解衣给他穿上。
此事轰动一时。京城人闻言太子到此，人人面露喜色，大谈其事。人们纷纷前往少年居住的善庆寺拜访，一时之间，文武官员投帖拜访者络绎不绝。
虽然派去的太监做足了戏，但那少年究竟是不是朱慈烺，他们也说不出个所以然，朱由菘又令认识太子的太监卢九德去看。卢九德到了寺内，正视半天，一时难辨，半晌不语。
少年突然呵斥道：“卢九德！你何不叩首？”
卢九德一听此言，如闻五雷轰顶，不由扑通一声跪下叩头。
少年却突然问道：“你隔几时竟肥胖至此，可见在南京受用。”
两人又寒暄了一会，卢九德便叩首道：“小爷保重！”
卢九德回宫后对弘光说道：“有些像，又有些不像。”
正当此事陷入僵局的时候，有人指认出此少年乃是驸马王昺侄孙王之明，王之明跟太子容貌相像，而且做过太子东宫侍卫，就这样弘光命令群臣会审。
会审那天，弘光召保国公朱国纯、首辅马士英及曾为东宫讲官的刘正宗、李景廉同六部九卿科道官员会审少年于大明门外。
群臣先后到场，少年向东踞坐，只见他长发垂肩、肌肤白嫩、身躯伛偻、面带愁容。
一名官员将紫禁城的图放在他的面前问道：“此为何图？”
少年道：“这是北京宫殿。”然后指着承华宫说：“这里是我居所。”指着坤宁宫说：“这是母后居所。”
另一名官员上前问道：“公主现在何处？”
少年说：“不知道，想必死了。”
又一名官员问：“听闻公主曾同宫女叩周国舅门？”
少年道：“同宫女叩国舅门者的是我。”
这时候，刘正宗上前问：“我是东宫讲官，你认识我吗？”
少年转头一看，不答。
刘正宗又问：“当年讲所在何处？”
少年答：“文华殿。”
刘正宗摇摇头，又问：“仿书为何？”
少年答道：“诗句。”
刘正宗又问：“写几行？”
少年答道：“写十行。”
刘正宗再问：“讲读何先何后？”
少年答：“忘了。”
正当刘正宗再想问题来问他的时候，少年笑道：“你以为我是假的，便当假的好了，我原本就不想跟皇伯争夺皇位的。”
接着，兵科给事中戴英复上前问：“先帝十六年冬御中左门亲鞫吴昌时，太子侍旁，何事何语？”
少年闭口不答。
戴英又问：“嘉定伯何姓何名？”
少年仍不答。
辨认结束后，刘正宗进宫奏道：“眉目全不相似。所言讲所、仿书悉误。”
兵科给事中戴英也奏道：“王之明假冒太子，其伪无疑！然稚年何能办此，必有大奸人挟为奇货；务在根究，宜敕法司严讯。”
第二日又让前东宫讲官，詹事府少詹事方拱乾前来辨认。皂役喝令少年跪下，少年仍像前次一样面西蹲倨。众官拥着方拱乾向前，有人指着方拱乾问道：“此为何人？”
少年一见，即道：“方先生。”
一官厉声喝道：“你是王之明！”
少年道：“我南来，从不曾自己说是太子。你等不认罢了，何必改易姓名？”
虽然还没有一个确切的结果，但百官已经认定少年便是王之明。弘光听众人这么说，便命人将少年好生护养。
至此南渡三案就结束了，但事实上这三件事远没有结束，它们所带来的效应却持续发效，可以说策划者基本上达到了目的。
这三件事情都透着一股邪气，它们发生的时间前后连贯，都是在阉党制造顺案对东林和复社穷追猛打之际发生，而且都是针对弘光政权的合法性而来，虽然并没有让弘光政权垮台，但民间舆论已开始纷纷指责弘光皇帝，使得这个新生的政权开始摇摇欲坠。
对于大悲和尚案，那个和尚是个疯子这点确定无疑，他甚至记不清自己究竟是定王还是其他王，他上来就质疑朱由菘继承皇位这件事情，显得有些急躁和令人怀疑；童妃案中那个自称童氏的女人从她轻浮的举动就可以看出她并不是福王的妃子，至于她是谁，从何处来，已经不得而知了；第三个案子中的那个自称太子朱慈烺的少年应该是一位假太子，因为前去辨认的宦官都不能肯定，而且昔日宫中的讲官询问少年一些讲读的事情，他也支支吾吾回答不上来，最后干脆不再回答。至于人们所说的少年容貌酷似驸马的侄孙王之明，这倒有可能，而且他在东宫呆过，对宫中的一些事情也知道一些。
三件案子虽然都平息了，但舆论对朱由菘的指责却越发强烈起来，因为人们宁愿相信这些事情都是真的，也就是朱由菘抛弃自己的女人，为了皇位不认前太子。这个时候京城里便有歌谣：“若辨太子诈，射人先射马。若要太子强，擒贼先擒王。”实际上从弘光皇帝不断让官员和太监辨认太子也可以看出来，若这位南渡太子真的是朱慈烺，他也想把位置让出来。在这方面他自己后来说道：“朕也想找到太子，若这位少年真的是太子，朕也愿意把皇位让出来，可惜不是啊！”
接着便有一些官员上疏反对朱由菘对待南渡三案的态度，虽然朱由菘进行了斥责，但是当带兵在外的左良玉也上疏反对的时候，形势不再是那么美妙，这个弘光政权已经面临着分裂的危险。
当时间进入南明的时候，无论是国本之争，还是阉党与东林党之间的战争仍旧在这个风雨飘摇的南明王朝中上演，这种激烈程度、血腥程度、卑鄙程度甚至超过了历代，并最终导致南渡三案的爆发。
南渡三案背后的事实真相我们不得而知，究竟是不是东林党和复社在幕后指挥我们也没有确切的证据，但透过历史和事件发生的脉络，我们却可以清晰看见东林和复社在背后运作的特点。
在南明王朝的运作中除了无休止的党争外，它的军队也出现了很大问题。江北四镇加上湖北左良玉的一镇，都成了不让文官控制的地方军阀，士兵不仅缺军饷，而且还缺粮食，江南的粮食已经需要湖广供给。弘光王朝跟崇祯王朝一样，面对羸弱的财政，只好让士兵们自己筹措补给，士兵们的纪律开始涣散起来，他们公开骚扰城市和乡村，这样的话，官兵已经成了半官半匪，无论他们走到哪里，都受到当地百姓的鄙视，地方官员甚至紧闭城门禁止他们入城。
为了让这些军队能够继续为南明政权效命，朝廷将江北四镇的统帅连带左良玉都授予爵位，而且还允许他们绕开兵部直接提拔军中将领。到了此时，无论是江北四镇，还是湖北的左良玉军镇无疑都成了不受文官系统节制的藩镇。到了南明，文官政治的副作用和藩镇政治的副作用一起显现。虽然南朝出现了五大藩镇，但这五大藩镇既没有强大的实力来对抗清兵，也没有凝聚在一起的可能性。
在整个崇祯朝对付农民军的过程中左良玉一直战斗在最前线，农民军跑到哪里，他打到哪里，但到了最后几年，他总是被李自成打歼灭战，所以他一直龟缩在荆襄之地不敢出来。在左良玉的仕途中有一位关键人物，那就是东林党人侯恂，左良玉的提拔得益于侯恂，从这个意义上讲他也属于东林党派系，所以，自然受到南京方面的打压。
随着清军逐渐打败了陕西的义军，李自成为了跟四川的张献忠会合便于弘光元年三月南下荆襄，加上湖广巡按御史黄澍说弘光皇帝不认太子朱慈烺，就这样左良玉为了避李自成锋芒，同时也为了表达对弘光的不满，便以“清君侧”为由顺江而下直往南京奔去。
左良玉来到九江后见到了驻扎在这里的江楚总督袁继咸，袁继咸告诉左良玉那个太子并非真太子的时候，左良玉才意识到自己上了黄澍的当，但这个时候无论是左良玉的部队还是袁继咸的部队都不听两人的指挥，在这种情况下，年老多病的左良玉忧愤而死。接着，他们的部下合兵一处拥戴左良玉的儿子左梦庚为新的统帅，继续沿江东下，连克彭泽、东流、建德、安庆，最终抵达南京的外围太平府。
此时长江防线从西到东是黄得功、刘良佐、高杰、刘清泽，其中高杰和刘良佐都是原先李自成队伍的成员。由于黄得功和刘良佐防守西线，故而朝廷将黄得功的军队调到江南防守，刘良佐的军队调到江北防守，这样南北同时夹击左军，迫使左良玉大军退回九江。
虽然左军退回去了，但此时清军已经开始南下，东线清军进踞山东，西线清军进踞河南。朝廷立刻派高杰进驻开封，阻止清军从中原南下。高杰来到开封后便前往河南东部的睢县，去督促那里的守将许定国。许定国这个时候已经投降了清廷，这点大家都知道，高杰也知道，但他并没有将此事放在心上，他希望通过自己的督促能够让许定国转变立场。高杰带了五千兵马来到睢州城外，许定国亲自出城迎接，他对高杰毕恭毕敬，并邀请高杰入城，高杰根本就不将许定国放在眼里，他似乎想大摇大摆的进城，同行的河南巡抚劝高杰不要进城，高杰根本就不将这种劝诫放在心里，他带着几十名随从进了城。
无论许定国开始有没有杀心，但当高杰在宴席上斥责许定国投降清廷并规定开拔日期的时候，许定国的确起了杀心。当天夜里，高杰和他的几十名随从被杀死，第二天清晨外面得到消息的高杰的五千兵马攻破了睢州城，这些士兵进得城来乱杀乱砍，睢州城顿时便陷入一场浩劫。
正在扬州督师的史可法得到高杰被杀的消息后，顿时明白中原已无险可守，虽然朝廷重新让高杰之子高元爵承袭高杰爵位，但高元爵已经无力约束高杰的数万兵马，高杰手下士兵顿时如鸟作兽散，只剩高杰部将李成栋退守徐州。
最能打仗的高杰既死，等于说是明廷在西路失去了抵挡清军的门户，西路清兵分两路，一路攻徐州，一路攻毫州，徐州守将李成栋和江北四镇之一的毫州守将刘良佐尽皆投降清廷，转而充当清军进攻南明的马前卒，就这样江北四镇已去两镇。
紧接着驻守淮安的刘清泽也降清，多米诺骨牌效应一旦发生则会发生连锁反应，这样，江北四镇只剩黄得功一镇。事情到了这个时候已经没有悬念，清兵四月破扬州，六月破南京，接着又围攻黄得功驻守的太平府，黄得功在江上与清兵作战时被箭射死，逃到黄得功这里的弘光皇帝被俘后被送到北京处死。
至此持续一年时间的弘光王朝正式覆灭，虽然随后在各地又建立了隆武、鲁王、绍武、永历、宁靖王以及其他的一些零星明朝宗室政权，但由于大明是两京一十三省，弘光王朝又控制了黄河以南的大半个中国，所以我们认定当南京被攻破，277年的明王朝基本上就结束了，但对随后明代宗室所建立的政权我们在本书中还作一介绍，到最后再重点对明朝政治斗争以及明朝灭亡的原因进行一下深度解读。
当弘光皇帝被擒杀后，大面积的御清战争并没有结束。唐王朱聿键家族世代封袭在安徽凤阳这个地方，他跟某些朱氏子孙一样在这个山河破碎的季节希望重整帝业。朱聿键跟晚明的其他藩王一样是朱元璋的九世孙或者十世孙，这些无忧无虑的藩王大多保持了长寿，当他们登上明末政治舞台的时候完全比那些世袭的皇帝要长好几个辈分。
朱聿键显得冲动而急躁，当李自成的造反大军逼到河南的时候，他向朝廷请求借兵平叛，他大概忘了历史上的教训，朱聿键的行为既愚蠢又让人莫名其妙，他的请求理所当然遭到崇祯的拒绝，但是他自己散出家财跑到南阳去招了几千兵马，结果被李自成打得大败。朱聿键私自招兵的事情犯了宗室大忌，他被废为庶人，囚禁在凤阳。当明室南渡后，弘光皇帝考虑到凤阳离南京近，怕他闹事，便将他迁徙到广西，哪知道走在半路上，弘光政权便被灭掉了，朱聿键便跟其他一些明朝宗室和士绅一起流亡福建。此时，明朝的宗室、官僚、缙绅依托钱塘江，在浙江和福建开展御清活动。
朱聿键在福建被海盗头子郑芝龙、福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周拥立为帝，当年改元隆武，定都福州。与此同时，在浙江绍兴又出现鲁王朱以海监国政权，两个明朝宗室建立的政权一个在福建，一个在浙江，两者互不承认，朱以海只称朱聿键为皇伯父，而不称皇上。
鲁王政权似乎给隆武政权充当一个屏藩的作用，但这个屏藩实际上并无作用，鲁王手下没有多少军队，他甚至还主动进攻南方的隆武政权。顺治三年（1646年）六月，在清兵进攻浙东的形势下，这个存在一年的政权灭亡，鲁王漂泊海上，后来到了台湾。
鲁王政权的迅速覆灭使得福建门户大开。此时隆武手中并无兵马，兵马都在郑芝龙手中，作为一个生意人，郑芝龙并不想为了一个即将灭亡的政权贴上老本，他最好的归宿还是归降清朝，满清政权已经懂得如何善待归降的明朝遗官和遗民。
朱聿键空有一腔热血，奈何时运不济。隆武政权时期可以说是整个南明时期一个重要的转折点，因为它改变了弘光王朝的联清灭顺的政策，转而实行联顺灭清的政策，因为弘光政权一直没有搞清楚谁是真正的敌人，在迁都南京后，它一直试图联合清朝继续对付农民军。正是这种政策上的转变直接促使了随后南方御清运动的高潮。
虽然隆武政权试图北伐，虽然它也曾一度收复安徽的某些地区，但终究是指挥不动郑芝龙的兵马，在鲁王政权覆灭后它也很快遭到灭亡的命运。朱聿键被清军俘获，后来绝食而死。
在鲁王政权和隆武政权相继覆灭后，顺治三年十一月份，一些明朝的大学士在广州拥立朱聿键的弟弟朱聿鐭成立绍武政权，刚刚成立的绍武政权又开始跟在广东肇庆成立的永历政权争夺正统，到了十二月份，清军降将李成栋攻破广州，仅仅成立一个多月的绍武政权灭亡，到了此时，所有的事情已经再无悬念。
隆武、绍武、鲁王政权的相继覆灭并不标志着南明政权御清战争的结束，它实际上只是一个开始，因为随后的御清战争主力转移到了农民军身上，精彩才刚刚上演。
无论是朱聿键、朱聿鐭，还是鲁王朱以海都不具备世袭的正统性，在朱由菘死后，世袭的正统性转到桂王朱常瀛的儿子，万历的孙子朱由榔身上。
当唐王和鲁王在东南沿海建立政权的时候，虽然两广的官员并不承认他们的正统性，但为了团结需要，两广还是尊奉隆武号令。朱津键既死，朱以海逃到海上，朱由榔的登基已经是势所必然。
隆武二年（1646年）十一月，在两广总督丁魁楚和广西巡抚瞿式耜的拥戴下，朱由榔在广东肇庆登基称帝，以次年为永历年。
永历的登基似乎将那种纷乱的局势暂时安定了下来，永历政权继续遵循隆武政权所确定的联顺、联西御清方略，也就是联合农民军一起抵御清军的进攻。这些底层出身的人再次出现在抗清的最前沿，正像我们在本书的第一卷中说到那样，只有最低层的劳苦大众才具备国家民族的观念，才具备敢于牺牲之精神。
当清兵攻入广东后，肇庆已经不能停留，瞿式耜带着永历帝来到广西桂林，接着又沿湘江北上广西与湖南交界处的全州。对于永历政权来说，全州这个地方非常重要，它进可攻，退可守，此时永历政权已经酝酿收复湖南、湖北。
此时明廷在整个湖广地区可以动用的军队一共有四部分：一部分是在崇祯年间张献忠进攻湖广的时候，有五支官军隐蔽在湖广的山区，现在的任务就是要尽快找到这五支军队；第二部分是左良玉麾下有三支军队在江西向清军假投降后现在正返回湖广；第三部分是弘光元年有一支从云南去南京援助的军队，走在半路上弘光政权就垮台了，这支军队就暂时留在了湖广；第四部分是在李自成在江西被农民锄死后留下来的四支军队，分别由四位将军统帅，他们是郝摇旗、刘体纯、李过、高一功。
这四部分军队都必须由湖广总督何腾蛟将他们统一起来，但这事实上是不可能的，这些军队跟弘光王朝下的军队一样都没有给养，他们只有靠四处掠夺来获取那么可怜一点的给养。
按照瞿式耜的部署，他是希望永历皇帝在收复湖广之后，将都城迁到武昌，然后让武昌成为北伐的大本营，为了实现这种战略，永历皇帝在来到全州后，随即又来到湖南西南部的武冈，那里驻扎着刘承胤的大军。
对于湖广总督何腾蛟来说，留在湖广的这四部分军队，他对李自成的余部控制是成功的，在他的劝说下留在洞庭湖的四支李闯余部开始向西面转移，他们出现在抵御清军南下的前沿阵地上。
永历元年（1647年）八月，明朝降将孔有德进攻武冈，刘承胤决定投降，但在投降之前他让锦衣卫指挥使马吉翔护送皇帝返回桂林，就这样永历皇帝一路颠簸又回到了桂林。
清军入关后进军非常顺利，表面上看大批明朝官吏投降，但由于进展过于迅速这其中潜伏着一些不安定因素。一方面一些官吏和武将都是随大流，二是很多投降的官僚都是奔着利益去的，一旦利益得不到满足则会反正，三是满洲人入侵后，实行的一些野蛮的政策也招致汉人的极度反感。这三方面的因素加在一起就导致在永历皇帝退到广西后出现了一场汉人官僚和回族官僚反正的高潮。他们是江西提督金声桓、广东提督李成栋、广西巡抚耿献忠、大同总兵姜镶、延安参将王永强、甘州副总兵米喇印。
尤其是金声桓和李成栋的反正使人们看到收复湖广的希望，为了稳定广东形势，永历皇帝于永历二年（1648年）还都肇庆。大顺农民军、大西农民军，还有南方以及西北的一些清廷降将陆续反正，这使得南明政权的御清形势出现第一次可喜的局面，永历政权名义控制的地方达到云南、贵州、四川、广西、广东、湖南、江西还包括山西、陕西、甘肃的一部分，以及浙江、福建的一部分。
与此同时，清廷在北京制定了一项新的政策，那就是不能依靠汉人充当马前卒，改由满人和蒙古人来进行南方的战事。虽然永历政权控制了南方七省，但各方力量都不能调动，各方力量都是孤立的，被清军各个击破已是势所必然。
1649年南下清军首先进攻江西南昌的金声桓部，得不到支援的金声桓在南昌城被围八个月后自尽而死。接着，湖广总督何腾蛟兵败被杀，李成栋在江西渡河的时候被淹死，永历二年的御清形势在清兵再次南下后急转而下。
外部的形势不乐观，朝廷内部的形势也不乐观。永历朝廷还都肇庆后便又闹起了党争，这次党争的参与者是楚党与吴党，党名是以双方各自领袖的籍贯而冠之。吴党主要是由那些一直跟随在永历皇帝身边的那些官僚组成，而楚党是由那些反正的官僚组成，事情了这般地步，永历对这些党争早就无法控制。当清军再次南下广东后，永历朝廷退到广西梧州，后又退到了更远的南宁。
虽然在1650年之前永历政权一直在湖南、广东、广西之间游击，但帝国还有三个地方可以容纳他，一个是被张献忠占据的四川，另两个是既没有被农民军，也没有被清军涉及的云南和贵州，对于永历朝廷来说，无论是云南还是贵州都是净土，保持了原汁原味的大明气息。
帝国到了此时，李自成的余部早就被打散了，湖广的明军也同样被打散了，何腾蛟死了、李成栋死了、瞿式耜不久之后也将死去，而张献忠的大西军却开始登上历史舞台。在张献忠死后，他的队伍由孙可望、李定国统率，两人打算离开清军即将逼近的四川而南下贵州。
孙可望和李定国离开四川还有一个原因，那就是四川当地遗留的明朝官僚和士绅对张献忠十分排斥，甚至超过了对李自成的排斥，再加上四川向来是一个不轻易屈服外来势力的地方，所以张献忠的部队和其他一些地方上的清军一样遭到了从士绅到盗匪的一致抵制。
孙可望和李定国进入贵州非常顺利，他们通过遵义就进入贵阳，本来孙可望和李定国就打算驻扎在贵州，但此时云南却发生了土司叛乱，一个叫沙定洲的土司造了世代镇守云南的沐氏家族的反，帝国的最后一任黔国公沐天波被逼到云南的西北角，沐天波给孙可望写信让他带兵入黔平叛。
沐天波的邀请正合孙可望的心意，云南对于他来说是一块好地方，因为这里是帝国的边陲，便于割据。孙可望和李定国进入云南后，孙可望在西，李定国在东迅速平掉了沙定洲的叛乱，此后，孙可望就取代了沐氏家族实行对云南新的统治，他逼迫永历朝廷封他为秦王，这是明代史上第一个异姓王。
在孙可望的愿望得到满足后，以及李定国誓死为明廷效力的情况下，这支从四川南下的生力军很快出滇反攻，就这样在永历六年（1652年）帝国的西南和东南一起发动了全面反攻。西南方面有张献忠留下的三名大将：孙可望、李定国、刘文秀，东南方面有张煌言、郑成功，双方同时发动攻势，在永历六年迎来了南明御清的第二次高潮。
李定国带兵8万出击湖南，取得靖州大捷，随即南下广西取得桂林大捷，击毙清廷降将孔有德，接着，李定国又北上湖南取得衡州大捷，击毙南下的满清亲王尼堪。与此同时，孙可望在湖南也取得辰州大捷，刘文秀出击四川取得叙州大捷，停溪大捷。受西南御清形势的鼓舞，各地逃到山区的明军纷纷出动反击，士绅也组织民兵自卫，东南方面，张煌言、郑成功乘船抵达南京城下。但南明抗清的形势只是局部的反攻而已，它于大的形势并没有任何作用，当清廷组织力量反扑的时候，他们所取得的这些成绩立刻化为乌有。
当吴三桂从陕西挥师南下四川的时候，刘文秀迅速被打败，而李定国在湖南受到孙可望的排挤，李定国被迫撤到广东，由于李孙的分裂导致两人在广东和湖南都遭到大败，御清形势再次毫无悬念的进入低谷。在这种情况下，孙可望将永历皇帝带到贵州西南偏僻的山区安隆，在那里孙可望给永历修建了皇宫。
从1652年起永历就受到孙可望的挟持，孙可望想通过挟持永历皇帝来建立属于自己的割据版图，他甚至想对永历取而代之，尽管这种想法从来没有公开表露出来。在这方面，孙可望远不如李定国，李定国誓死效忠南明朝廷，他希望这辈子能建功立业，扶持行将就木的大明王朝，以此来光宗耀祖，无论李定国有没有实现这个理想，历史已经认定他实现了。
朱由榔在贵州这个偏僻的山区一直呆了四年，从永历六年呆到永历十年，在这期间他秘密让人带信给广东的李定国，让他将自己从这个地方弄走。
永历十年（1656年），李定国的大军终于来到安隆，将永历带到云南的昆明。不久，孙可望就带大军进攻云南，双方在云南东部遭遇，孙可望的部下早就不满孙可望对待永历朝廷的态度，他们临阵倒戈，投降了李定国，狼狈的孙可望带着余下的部众退回了贵州，随后便投降了清廷。孙可望的降清标志着永历朝廷只剩下云南一隅，从此在云南以北再也无人帮助他抵御南下的清军。这些都是永历十一年（1657年）间的事情。
1658年清廷命令投降清廷的洪承畴为五省总督，将他从东南调到西南发动对永历朝廷的最后一击，清军兵分三路越过四川、贵州直向云南扑来。永历朝廷的去向再次出现问题，当时廷议有两种方案，一说北上四川东部，那里有刘文秀和夔东十三家，而且还可以北上陕西建立根据地，另一说撤到缅甸，从安全考虑，廷议还是决定撤往缅甸。
1659年，黔国公沐天波护送永历朝廷向缅甸撤退，李定国则留下来阻击清军。李定国在怒江西岸对清军进行一次较大规模的阻击后，便撤到了中缅边境一带，而此时永历一行到达了缅甸的阿瓦。从此皇帝跟他最亲爱的将军失去了联系。
事实上皇帝撤入缅甸对抗清形势极为不利，因为此时云贵川还有不少明军和农民军主力，张煌言和郑成功在东南也集结了数万兵马，皇帝入缅等于公开宣称他已放弃了祖宗江山，这样这些各地的抗清势力感到失去了主心骨，前途顿时黯淡起来。
虽然朱由榔已经灰心丧志，他只想偏安缅甸保全子孙，但包括李定国在内西南各地的明军统帅仍然有着收复河山的雄心壮志，他们数次率兵进入缅甸欲迎接永历帝返回云南，甚至不惜跟缅兵血战，但都被永历帝所拒绝。
在南明御清形势下，只要有敢于统率的君主，各地抗清义士并非没有牺牲一切之决心。当1644年满洲人入侵后，各地能够充当御清的力量多的多，但自从皇帝在景山吊死以后，帝国就已经进入藩镇割据局面，正是一盘散沙的格局使得王朝失去了它的江山。看来以文御武的文官政治确有它的道理，但是在农民暴动的冲击下，在财政破产的冲击下，帝国优越的文官政治已经被击碎了。
永历朝廷在缅甸的日子毫无疑问的不好过，缅王在阿瓦修建了一片竹屋供他们居住，皇帝跟他的大臣们用从内地带来的财物跟当地的居民换取食物，到了1661年身边的财物已经被置换完毕。
1661年注定是永历王朝的结束年，在这一年，缅甸王被他的弟弟杀死，他的弟弟成为新的缅王后开始对这个外来户采取强硬政策。在这年的七月，新的缅王让永历朝廷过江议事，众人皆不敢去，缅王又带信来说让皇帝与众大臣跟缅王一起饮咒水盟誓，朱由榔派内阁大学士文安侯马吉翔、太监李国泰、黔国公沐天波一起过江。众人过江后即被缅兵团团包围，沐天波奋起夺刀连杀9名缅兵，结果过江的明朝官吏包括武将在内全部被杀，沐天波也死于这场兵乱之中。紧接着缅兵又过江冲入永历皇帝的行宫，将永历的护卫兵杀死，又将所有的财物搜索一空。
缅甸方面态度的转变还是由于从1661年开始清廷发动了对缅甸的政治攻势，以威逼的手段迫使新缅王交出永历皇帝。永历十五年（1661年）十二月，缅王将永历一行交给了吴三桂，永历十六年（1662年）四月，永历帝父子及眷属25人被吴三桂处死。永历父子死后，李定国顿感绝望，于七月份病逝。
在永历皇帝死后，此时还有漂泊于海上的鲁王政权，但这些已经没有任何意义。1661年郑成功在反攻大陆失败后，便从菏兰人手里夺下了台湾，他希望将台湾作为将来继续反攻大陆的基地。
1662年郑成功病逝，1663年鲁王病逝于金门，1664年张煌言被清军擒杀。至此明朝的政权只剩孤悬于海外台湾岛上的宁靖王朱术桂监国。朱术桂跟郑成功的儿子郑经一起在台湾度过了18年的孤寂岁月，在清军的渡海攻击下，1683年郑经之子郑克塽被迫降清。朱术桂决意与五位妃子和两名身边宦官自缢死，郑克塽率文武别之，大家都嗟蹉不已。
宁靖王临死前题下绝命诗：“艰辛避海外，总为几茎发。于今事毕矣，不复采薇蕨。”
至此从1368年至1683年，如烟的帝国终于在海风中飘忽而逝。明亡之后再无华夏，崖山之后再无中国。
