广大穷苦棚民被残酷压榨，实在无法生活，就转到山内木厂、铁厂、盐厂、金厂、纸厂、炭厂、耳厂、林场等处做工。这些厂子的规模大小不等，小厂只有几十人，大厂多达数千人乃至上万人。如木厂又分大园木厂、枋板厂、猴材厂等，其中一个大园木厂，就有“近作水陆挽运之人，不下三五千人”。这些人受到地主和厂主的双重压迫和剥削，劳动强度很大，甚至牲畜都难以承担。据《三省边防备览》一书记载，仿板厂运夫背负“枋一块重二三百斤，上下峻坂之中，厂人号日：‘某骡子’，实者骡亦不逮矣。但不能行远，日不过三四十里，亦不敢歇店，自带铜锅干粮，结队宿岩屋、树荫之中”。这些连牛马都不如的雇工们，还不时受到失业的威胁，每到“苞谷清风价值大贵，则歇厂停工”。他们生活极不稳定，生命毫无保障。
在这种情况，富于反抗精神的流民，经常自发地组织起来进行斗争。他们有时“盈于累百”的去“吃大户”，强迫地主豪绅和厂主们供给吃食；有时他们拿起武器，强夺地主、富商的粮食、财物进行平分；也有时公开聚众起事，袭击场镇，韧富济贫，打击富商大贾，遇有官兵追捕，“小则拒捕抗官，大者揭竿‘谋逆’，甚至著布要害，公然为犄角之势”。震惊全国的川、陕、楚、豫、甘等五省白莲教大起义，就是在这种政治上残酷压迫、经济上超重剥削的情况下爆发的。
所谓“白莲教”，是一种流传于民间的秘密宗教。白莲教是由摩尼教、弥勒教、道教、儒教和佛教等多种宗教混合演变而成的。它的历史可以追溯到唐宋时代或更早一些。有人认为，白莲教起源于东晋僧人慧远创立的“白莲社”，有人认为唐代中叶流传于中国的摩尼教，不久在唐武宗时遭到禁止，后来流传于下层人民中间，它的“明尊”信仰与同样流传于民间的弥勒信仰相结合，在宋元时代逐渐形成了白莲教。一般的说法都认为是，南宋绍兴初年，吴郡（今苏州）延禅院的和尚茅子元仿天台宗教义与吸取“明教会”（由摩尼教演变而来）的教义与仪式创立的“白莲菜社”。他自称“白莲主师”，其弟子号“白莲菜”。他们以弥勒佛代替了明教会的摩尼佛。到了元代末年就逐渐形成了以崇拜弥勒佛为主的“白莲教”。
白莲教从创始到清代中叶的几百年中，为了适应形势，不断衍变，并分成了许许多多的支派，互不统属，但始终不是以正统宗教被尊崇，而是作为异教被排斥。它的教仪简单，经卷比较通俗易懂，深为下层贫苦人民所欢迎，并且常被利用作为组织人民反抗封建压迫的工具。元末以来，许多人以此为外衣，组织民众，发动了多次农民起义。
白莲教规定信教者戒酒、戒荤，“不杀”、“不淫”、“不盗”、“不妄”等戒律。它号召信徒敬奉祖先，是一个半僧半俗的秘密宗教团体。白莲教教徒主要是烧香、诵偈（即宝卷）、信奉弥勒佛、明王和“无生老母”等。教徒们的活动多是“男女混杂”，“夜聚晓散”。
白莲教的教义认为：世界上存在着两种相互斗争的势力，叫做明暗两宗。明就是光明，它代表善良和真理；暗就是黑暗，它代表罪恶与不合理。这两方面，过去、现在和将来都在不断进行斗争。弥勒佛降世后，光明就最后战胜黑暗。这就是所谓一般人们所说的“青阳”、“红（弘）阳”、“白阳”的“三际”。教徒们普遍信奉“无尘老母”（也称“无生父母”），以涅槃境地的“真空家乡”拯救人类的灾难。无生老母先后派燃灯佛、释迦牟尼佛、弥勒佛下世。他们分别在每一时期统治着人类世界，青阳时期是由燃灯佛统治着；红（弘）阳时期是由释迦牟尼佛统治着；白阳时期是由弥勒佛统治着。“青阳”是初际阶段，那时还没有天地，但已有了明暗。“红阳”是中际阶段，那时黑暗的势力占据上风，压制了光明的势力，形成“大患”，这就是所谓“恐怖大灾”的来临。此时弥勒佛就要下世了，经过双方的决斗，最后光明驱走了黑暗。“白阳”是最后的阶段，明暗各复本位，是未来。教首们宣传，人们如果信奉白莲教，就可以在弥勒佛的庇佑下，在大灾之年化险为夷，进入云城，免遭灾难。待彻底摧毁旧制度，破坏旧秩序后，即可建立“千年福”的境界，那时人们就可以过上安居乐业的好日子了。
在历史上，白莲教很长时间都是一个反抗封建统治阶级的秘密组织，曾多次遭到禁止和镇压。作为一种异端宗教，它一直在下层人民中间流传着。在清代，自莲教的组织分布很广。黄河上下，大江南北到处都有，尤其是直隶（今河北）、山东、山西、河南、湖北、四川、陕西、甘肃、内蒙古和安徽等省最为活跃。各阶层人们踊跃参加，在农村中则有“乡约吃教”，在城镇、集市则有“差役书办吃教”。为了转移统治者对自莲教的注意力，当时教派很多，主要有：混元教、清茶门教、牛八教、收元教、十字教、一柱香教、焚香教、红（宏）阳教、白阳教、大成教、老君门教、大乘教、清香教、圆顿教、八卦教、天圆教、太阳教、青阳教、黄天教、弥勒教和天理教等，五花八门。其中许多教派均为白莲教的支派，或由白莲教衍变而成的。各种教派往往又分成许多别支，各以教主、首领为中心，组织相当复杂，首领们的名目也相当多，主要有“祖师”、“师父”、“老掌柜”、“少掌柜”、“掌教元帅”和“先锋”等等。这种组织形式虽然适合于秘密、分散的活动，但不利于集中和统一。清代中叶的白莲教大起义，突出地暴露了这一弱点，最后成为导致起义失败的重要原因。
清代中叶白莲教起义的大致经过如下：乾隆五十九年（1794年），襄阳地区的白莲教首领齐林、王聪儿（又名齐王氏，齐林妻）、宋之清和樊学明等人商定于正月十五日元宵灯节，趁万民观灯，官府疏于戒备之机举行起事，为此派出许多骨干，到湖北各地，串联广大教众届时起来响应。不幸事泄，齐林、宋之清等一百多名骨干惨遭杀害。王聪儿幸免于难，她藏身于襄阳郊区一座叫青莲庵的尼姑庙中。不久湖北各地的教众又秘密商议在嘉庆元年（1796年）三月十日举行起义。乾隆六十年（1795年），湖北竹溪人民举行了“夺犯殴差”的斗争，但遭到清统治者更加血腥的镇压。湖北教徒决定提前起事。嘉庆元年（1796年）正月初七日，在湖北宜都、枝江交界的温泉窑一带爆发了张正谟、聂杰人等领导的起事，揭开了这次大起义的序幕。
张正谟、聂杰人首先发难，其他地区接踵而起。枝江的刘盛鸣，长阳的林之华、覃加耀、黄廷柱，宜都的曾广宁等人都相继起事响应。接着当阳、末凤、竹山、东湖、远安、保康、宣恩、咸丰、龙山等地也都爆发了教众起事。三月初，襄阳、樊城一带的教民在王聪儿、姚之富、王廷诏、樊人杰、张汉潮、张天伦和高均德等人领导下，在襄阳郊区黄龙冈揭竿而起。
湖北教众起事很快就蔓延到四川、陕西和河南等省。嘉庆元年（1796年）十月，四川达州爆发了徐天德、王登廷领导的起事；东乡（今宣汉）爆发了冷天禄、王三槐领导的起事；十一月在陕西安康、米溪爆发了冯得仕、林开泰、翁禄玉等人领导的起事；十二月在四川巴州、通江等地又爆发了罗其清、苟文明、冉文俦、冉天元和鲜大川等人领导的起事。不到一年，湖北、四川、陕西和河南等省到处都燃起了教众起事的烽火，清军顾此失彼，连吃败仗。
为了镇压这次起义，清政府除了纠集湖北、四川、陕西、河南和甘肃的军队之外，还先后从山西、直隶（河北）、两广、山东、黑龙江、吉林、盛京（辽宁）等省调来大批清军，还动员了索伦兵等少数民族的军队。
在清军的围剿堵截下，王聪儿只好经山阳再入湖北，后被清军将领明亮、德楞泰以及郧西县令孔继擀等率领的清军把当地乡勇包围在郧西县三岔河一带。激战半日，起义军损失惨重，七千多人壮烈牺牲。最后王聪儿、姚之富带领十几名女兵，跳崖身亡，被俘的一千多名起义军也惨遭杀害。
嘉庆四年（1799年）正月，嘉庆帝铲除了和珅后，清政府加紧扶植地主武装，对起义军实行了“坚壁清野”、“边抚边剿”政策。这样给起义军造成了很大困难，为了打破清军“坚壁清野”的诡计，起义军转入川西作战，在冉天元的率领下，经过剑川（今剑阁）、南部、盐亭、射洪到江由。在清军的夹击下，冉天元由于战马受伤不幸被俘，在成都壮烈牺牲。
