那三万江户守军和五万民团原本就对德川幕府的投降决策甚为不满，再加上移交江户防务之后，还被三万西南四藩倒幕军和倒幕义军“监视居住”，深深地感到不被新的中央政府信任，对自己的前途和命运充满忧虑，当天晚上的冲突更是犹如一根导火索，迅速引燃了他们的不满。
于是，那三万江户守军和五万民团纷纷走出平安宫，在无组织、无预谋的情况下，开始在江户城东一带打砸抢烧。得到消息的大久保利通迅速采取断然措施，先是将冲突双方隔离开来，对有关责任人进行了处理，又出动驻扎在德川神社附近的将近五万西南四藩倒幕军和倒幕义军将哗变的那三万江户守军和五万民团控制了起来，因而才没有酿成更大规模的兵变，但是，即使这样，所造成的损失却也着实不小。
于是，当天晚上，各式各样的谣言在江户城内不胫而走。江户民众充分发挥了作为事实上的都城居民的“八卦”天赋，有的说这是德川家康在天之灵所为，因为德川幕府的投降决策使他大为震怒，因此惩罚没有骨气的德川幕府和江户民众，同时也警告睦仁天皇和西南四藩“倒幕派”不要欺人太甚。有的说这是潜伏在民间的德川幕府残余势力所为，目的是打击睦仁天皇和西南四藩“倒幕派”的士气，以便在将来复辟德川幕府。也有的说这是大久保利通所为，目的是刺杀睦仁天皇和京都方面的随行臣僚，以便取而代之。还有的说这是岩仓具视所为，目的是打击风头正健的大久保利通，防止他对自己的地位构成威胁，避免自己失势。更有的说这是睦仁天皇所为，目的是借机打击大久保利通和岩仓具视，防止大权再次旁落。……凡此种种，不一而同。
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似乎是为了印证这些谣言，第二天清晨，睦仁天皇颁布敕令，声称昨天晚上发生的一连串事件是有组织、有预谋的，是潜伏在民间的忠于德川幕府的极端组织所为，目的是破坏“大政奉还”仪式，妄图逆转“王政复古”的潮流。睦仁天皇还在敕令中宣布迁都江户，江户即日起改称东京。同时，改元明治，当年即为明治元年。
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明治元年的夏天，江户民众，甚至全体日本民众，都感到了“新政”的力量，仿佛是有东风破开了经年累月的凝滞空气，带来了新的改变。
最先是中央政府结构的改变。首先，决定天皇为国家元首、海陆军最高统帅，天皇作为决策机构，承担决策国事的职能。其次，追授刚刚病逝的高杉晋作为日本历史上最后一任征夷大将军、摄政和关白，从此之后，永久取消征夷大将军、摄政和关白职位，不复设立。再次，设立元老院，任命岩仓具视为太政大臣，德川庆喜为左大臣，大久保利通为右大臣，木户孝允为内大臣，元老院作为议政机构，承担国事顾问的职能。最后，设立内阁，任命伊藤博文为内阁总理大臣，西乡隆盛为内阁官房长官，陆奥宗光为外务大臣，井上馨为内务大臣，涩泽荣一为财政大臣，山县有朋为陆军大臣，伊东佑亨为海军大臣，乃木希典为陆军副大臣，东乡平八郎为海军副大臣，内阁作为行政机构，承担处理国事的职能。
接着是外交政策的改变。首先，推行“去殖民化”政策，废除西方列强在日本的一切特权，没收西方列强在日本的一切财产，切实保护国家主权不受侵犯。其次，与中国结成全方位伙伴关系。中国在经济、外交和军事领域给予日本无偿援助，向日本提供无息贷款。日本则在国际事务中坚定地站在中国一边，内政外交政策均与中国保持一致。当条件成熟时，签订《中日友好同盟条约》，将此种特殊关系以法律形式确定下来。
然后是内政政策的改变。首先，政治方面，颁布“废藩置县”敕令，撤销全国范围内的所有藩镇，将行政区划定位“一都（东京都）、一道（北海道）、二府（京都府、大阪府）、四十二县（青森县、岩手县、宫城县、秋田县、山形县、福岛县、茨城县、栃木县、群马县、崎玉县、千叶县、神奈川县、新泻县、富山县、石川县、福井县、山梨县、长野县、岐阜县、静冈县、爱知县、三重县、滋贺县、兵库县、奈良县、和歌山县、鸟取县、岛根县、冈山县、广岛县、山口县、徳岛县、香川县、爱媛县、高知县、福冈县、佐贺县、长崎、熊本县、大分县、宫崎县、鹿儿岛县）”。其次，经济方面，颁布“殖产兴业”敕令，允许土地买卖，鼓励农业生产，兴办一批煤炭、钢铁、机械、造船和军工企业，发展铁路、邮政、电报、银行、保险和证券等行业，拓展海外贸易。再次，文教方面，颁布“文明开化”敕令，学习西方的科学技术，选派留学生，培养新式人才。最后，军事方面，颁布“整军经武”敕令，购买新式武器，改编西南四藩倒幕军、倒幕义军和幕府军为新式军队，成立军校。
这些改变使得江户民众，甚至全体日本民众如痴如醉，沉浸在“新政”的推行所带来的前所未有的宽松自由和创业动力中。他们或者投身实业，为了自己和家庭的幸福而奋斗，或者重回学堂，如饥似渴地学习西方的自然科学和社会科学，或者进入军营，渴望建功立业。一场空前的变革，渐渐在日本国内蔓延开来。
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两个月后，日本，东京湾，横须贺。
张继、容闳、秦谋和代善笑着与前来送行的伊藤博文、陆奥宗光、井上馨和涩泽荣一等人一一握手话别。他们身后，刘步蟾、林永升和叶祖珪分别驾驶着“无畏号”、“精诚号”和“忠勇号”战列舰等待起航回国。
