转战重庆 继续战斗
1940年2月，在地下党组织的安排下，翦先生离开淑浦赴重庆。据翦先生的女儿翦心倩在《爸爸永远活在我的心里》一文回忆：“记得是阴历腊月三十日，我家做了一顿丰盛的晚餐，几乎把家中所有的腊菜都用光了，你叫我请一些比较亲近的同学一起过年。这天晚上，家中很热闹，还有邹任洪（时任民国大学地下党书记）等同学在我家守岁到天明。初一，我们还是照常贺新年，但到初二下午，你却告诉我，明天清晨即将离开。果然，初三的清晨，来了两乘轿子，你们带着很少的行李，我叫哥哥，还有邹任洪同学送你，扶你们上轿，依依不舍地把你们送走。你们走后，我才明白，担心着你们在小江口换木船时发生问题，因为你们在那里要住一夜，又是溆浦与辰溪交界的地方，查得严。”
翦先生走后，还在民国大学就读的女儿翦心倩被溆浦县民政科的易科长扣留，一周后才放回学校。她回到家里，发现父亲留下的书翻得乱七八糟，满地都是。不到一周，学校当局又来搜查，将其父亲留下的全部书籍抄走。大概是搜查的人不认识外文，没有查出问题，后来这些书又全部送回。心倩在进步学生的协助下，将全部图书转移到新化县。不久以后，心倩和其他一些进步学生被开除学籍。辗转周折后，在重庆巴县歇马场与其父翦伯赞团聚。翦伯赞对国民党反动派剥夺其女儿上学的机会十分气愤，不顾白色恐怖的危险，毅然写信给民国大学校长鲁涤平，痛斥他迫害青年学生的反动罪行。
翦先生到重庆后，主动到红岩村八路军驻重庆办事处接上组织关系。当时周恩来正在苏联治病，董必武、叶剑英、涂冰、潘梓年、胡绳接见了他。5月底，周恩来自延安回重庆，立即约见翦先生。主要给他安排了四项任务：一、国民党军事委员会政治部部长张治中已同意聘翦为政治部名誉委员，要利用好这个机会；二、任冯玉祥将军的历史教师；三、任以郭沫若为厅长的政治部第三厅专门委员；四、支持《新华日报》和《群众》杂志，做好理论宣传工作。王昆仑代表中苏文化协会（总会）转达翦由该会候补理事递补为理事，并被推选为“杂志委员会”副主任委员兼机关刊物《中苏文化》月刊副主编决议。
刚到重庆的大半年时间中，翦先生生活贫困，白天忙于革命工作，晚上伏案疾书，人变苍老了，头发也灰白了，但是清净了很多，减少了国民党军警宪特的干扰，也不再有《中苏》半月刊等的编辑出版等事务，只是全力以赴地参与理论宣传与战斗。
1940年10月，国民党反动派发动了第二次反共高潮。到次年一月，又制造了骇人听闻的“皖南事变”，重庆也是一片白色恐怖。战斗在国民党统治中心的马克思主义史学家翦伯赞，在周恩来同志的直接领导下，同国民党顽固派进行着巧妙的斗争。由于国民党反共猖獗，翦伯赞的上述职务被撤掉。冯玉祥将军也不得不上了峨眉山，讲课之事也停止。这时，以周恩来为书记的中共中央南方局为了保存力量，贯彻党中央的“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的方针，部署重庆文化界的党员和进步人士，一部分转移到解放区或其他安全地区；一部分仍留重庆，按照“勤业、勤学、勤交友”的方针，“闭门”读书，研究学术，提高业务水平，大力开展学术活动，在文化界和学术界及政界的上层人物中进行统战工作，为迎接新的战斗做好准备。翦先生仍留重庆，但深居简出，加强学术研究和支持郭沫若等开展学术活动，并撰写多卷本“中国通史”。同时受著名平民教育家陶行知先生的邀请，到重庆市附近合川县草街子育才学校去讲课。
授课于冯 拒蒋听课
1941年，虽为国民党军事委员会副委员长，但长期被蒋介石边缘化的冯玉祥来到周恩来在重庆的住所曾家岩50号周公馆，经周先生介绍，认识了翦伯赞。他们之前虽未谋面，但冯对翦伯赞渊博的知识仰慕很久。几年前，冯玉祥读过翦伯赞的名著《中国史纲要》和近作《桃花扇底看南朝》。这几年，冯玉祥倾向进步，和蒋介石总是不合拍，老蒋将他放在重庆，有职没权。因此，他很想学些中国历史，以不虚度时光。而翦伯赞是当时山城闻名的历史学家，对中国历史造诣颇深。因此，冯玉祥请求周恩来牵线搭桥认识翦伯赞，并拜他为师，周恩来爽快地答应了冯的这一请求。
当一身补丁衣裳，脸色蜡黄，一副病容的翦伯赞出现在冯玉祥面前的时候，冯将军有点迟疑，很难将这一形象与著名的历史学家等同起来。不过他很快转变过来，礼貌地和翦伯赞打招呼：“翦先生，您好！古语云历代文人多清贫，看来是名副其实啊。我是一介武夫，没有什么文化，但对中国历史感兴趣，请先生收下我这样一个老学生吧！”
“岂敢！岂敢！” 翦伯赞婉言推辞道，“鄙人才疏学浅，岂敢在冯将军门下班门弄斧！”
“翦先生如此说来，焕章我无地自容矣！不过，我是真心想拜您为师。蒋委员长不给事做，我天天清闲在家，因此想学学历史提高提高自己的修养，不至于荒废光阴。”冯玉祥将军真诚地说道。在一旁的周恩来见他们一个非要拜师，一个又推辞不从，于是出面圆场，“难得焕章一片求知的诚意，你就收下他这个‘帅’字号学生吧。”翦伯赞不好再推辞，于是谦虚地说道：“恭敬不如从命，以后，那我就和冯将军一起研读中国历史吧。”
从此以后，在较长一段时间里，翦伯赞就做起了冯玉祥的历史家庭教师，主要讲授《中国史纲》。翦伯赞每月讲半个月的课，其余半个月由冯玉祥自己阅读史料。翦伯赞曾经回忆给冯先生讲课的情景时说：“他除了早晨读圣经和英文不算在内，每天有七小时是在教室里做学生。不迟到，也不早退。”、“戴着一老花镜，拿着一支毛笔，一面听一面记的神气”使人印象深刻。冯身为国民党副委员长，却十分尊敬老师。每次上课，冯总是用心听讲，边听边记，老师提问，他起立回答。翦伯赞在讲授中，以马克思唯物主义的观点重新解释说明中国历史，广征博引、以古喻今，讲得精辟透彻，冯玉祥十分折服。冯不但自己听，而且还叫心腹大将鹿钟麟、余心清等20余人一起参加，并委任鹿钟麟为“笔记检查官”，十分认真。一次饭后谈天，冯玉祥半开玩笑地说：“翦先生，我对民族英雄非常感兴趣，到时我做你的助手，咱们合编一本民族英雄传，不知意下如何？”翦伯赞赞成冯的主张，认为这是件对民族有益的事，并相约请冯将军做主编。
一天，在冯公馆特辟的教室里，众人在认真听课，讲台上，翦伯赞正讲授着《中国通史》汉楚之争那一节，讲台下，冯玉祥等聚精会神地听着，一字一句地做笔记。忽然，通道上传来了脚步声，身穿黄呢军服、手戴白手套的蒋介石出现在门口。冯玉祥看到赶紧迎上去：“委座光临，有失远迎，还望海涵。”蒋介石和颜悦色地说：“焕章，咱们是兄弟，何必这么客气，见外了么。”说着，瞄了一眼教室，看到这么多政要聚集在此，以为是在开会，冯玉祥解释道：“报告委座，我们正在聆听翦伯赞先生讲中国历史。”蒋介石认识翦伯赞，知道他是有名历史学家，就说：“翦先生，正好我也想听听您讲授中国历史，请不要介意，你继续上课吧！”翦伯赞一直对蒋介石有意见，看到蒋想听自己上课，心理有一百个不情愿，于是就说道：“蒋委员长，不好意思，我们的课讲完了，现在到了下课时间。”于是夹起课本走出了教室。蒋介石虽然很生气，但他对冯玉祥邀请老师到家里上课的行为非常推崇。几天后，蒋介石要求各级机关仿效，于是各机关奉令纷纷组织读书会。抗日战争时期，非常流行的读书会就来源于翦伯赞给冯玉祥讲授历史课。
翦伯赞白天去冯公馆讲课，晚上回到家里，还要挑灯夜战，为重庆的一些进步报刊撰写稿件，以微薄的稿酬维持全家人的生活。不久，他的爱女翦心倩患喉炎，无钱治疗，发展到晚期已不能进食，但是翦伯赞没有求救于冯将军。后来，冯得知这一情况后，责怪翦伯赞见外了，派副官送来了100块大洋，并亲自开车把翦心倩送到德国开设在重庆的协和医院治疗。由于冯玉祥的搭救，使翦伯赞心爱的女儿翁心倩转危为安，他十分感激冯的救女之恩。
转战香港 参与建国
1942年夏，翦伯赞开始撰写《中国史纲》。
《中国史纲》的第一卷（原始社会至战国时期）共37万字，半年脱稿；第二卷（秦汉部分）共47万字，一年脱稿。并又连续发表了60多篇论文，都是资料丰富、观点新颖的重要学术论文。他还发表了《评实验主义的中国历史观》等文章，点名批判了“文化班头”胡适等人的历史唯心主义。
翦伯赞还以诗进行战斗，1944年夏，日本侵略军大举进攻湘、黔、桂，国民党军队全线溃败。翦伯赞愤慨地写了如下的诗句：
喋血常桃血未干/又传胡马渡衡山/焚书到处纵秦火/杀敌何人出汉关/南渡君臣怜晋宋/北征豪杰遍幽燕/莫传巫巴能阻险/从来王业不偏安
1945年8月，抗日战争胜利，8月28日，毛泽东主席飞临重庆，代表中国共产党同蒋介石谈判“和平建国”问题。翦伯赞协助毛泽东主席和周恩来同志做冯玉祥、覃振和其他一些高级民主人士的工作，揭露蒋介石的丑恶嘴脸，共商建国大事。
1946年1月，翦伯赞应中国民主同盟的邀请，以民盟代表团“顾问”的身份，参加了政治协商会议，与国民党反动派进行了针锋相对的斗争。5月4日，翦伯赞乘中共代表团的专用飞机，由重庆飞抵南京，转赴上海，继续在周恩来同志的直接领导下从事统战和理论宣传工作。当时，上海的工作环境非常差，蒋、敌、伪合流，特务横行，一不小心，随时都有可能落入敌人的魔窟，经过多年的斗争，翦伯赞先生早已把个人的生死置之度外。他与当时的中共上海工委书记华岗保持联系，有计划地在文化、教育界展开工作。他与张志让、周谷城、李政文等同志组织并领导了“上海大学教授联谊会”等公开的群众组织，与邓初民、夏康农同志主编出版《大学月刊》。又通过吴泽同志的安排，到大夏大学任教，讲授“历史方法论”。他还到各高等学校、店员工会及其他群众组织中发表讲演，积极推进民主运动。
1946年7月初，国民党反动军队悍然进攻中原，发动全面内战。10月15日，又在南京召开伪“国大”。国、共两党的谈判实际上已经破裂，血风腥雨再次笼罩全国。就在这时，周恩来同志来到上海，亲自向翦伯赞分析了形势，布置了工作。不久，因工作需要，周恩来和华岗同志离开上海回到延安。上海的革命斗争更加困难，翦伯赞不畏艰险，团结进步文化界人士，支持“反饥饿、反内战、反迫害”为主要内容的反美爱国民主运动和青年学生运动，谴责国民党反动派的残酷内战和法西斯暴行。
1947年10月，国民党政府悍然宣布民盟为“非法团体”，11月，设在上海的中国民主同盟总部被国民党特务包围，民盟总部被迫解散。全国政治形势更加恶化，民盟地方组织和盟员转入地下斗争，民盟的海外组织积极开展活动，继续与国民党反动派进行斗争。1948年民盟转战香港，并在香港召开一届三中全会，成立临时总部，公开宣布同中国共产党携手合作，为彻底摧毁国民党反动政府，实现民主、和平、独立、统一的新中国而奋斗。翦伯赞也随民盟转移到香港继续从事斗争。
在上海期间，翦伯赞既坚持革命斗争，又坚持著述，把斗争与著述有机地结合起来。他撰写了《中国史纲》第三卷（魏晋南北朝部分）的大部分初稿，还发表论文20多篇。如《中国史上的正统主义》、《义和团暴动的背后》、《史料搜集与辨伪》、《史料与史学》等。
1947年冬，翦伯赞举家全迁香港，在民主人士创办的香港达德学院任教，讲授中国通史，继续从事民主运动。此外还进行学术研究，在港期间共写过论文30余篇。
1947年9月13日中共全国土地会议公布了《中国土地法大纲》及其《决议》，翦伯赞很快便于1948年1月25日在《华商报）上发表了《从历史上看中共的土地改革》一文。他赞扬说：“这是中国史上破天荒的一件大事”，是“土地之封建所有制之最终的消灭”。
同年9月17日，翦伯赞在《史地周刊》上发表了《孙皓的末日》一文，以三国时建都今日南京的吴国末代皇帝的投降，暗喻南京蒋介石政权即将灭亡。
后来，冯玉祥被蒋介石派往美国考察水利。1948年l月，中国国民党革命委员会在香港成立，公推李济深为主席、冯玉祥为政治委员会主席。蒋介石恨之入骨，决定开除冯玉祥的党籍。14日，冯玉祥在美国纽约举行记者招待会发表了“对被开除党籍发表的声明”，决定开展“铲蒋工作”。17日，他以极大的政治热情，由自己口述，妻子李德全执笔撰写《我所认识的蒋介石》一书，并想到请翦伯赞帮忙出版。此时，翦伯赞先生正居住在香港九龙尖沙嘴，担任达德学院教授和《文汇报》史地副刊的主编工作。7月21日，冯玉祥把手稿秘密寄给翦伯赞。邮件中附了一张不大的油画，并题诗一首：“乘小船，上高山，脱去长衫，要打独裁卖国的汉奸！决心极坚，不怕任何危险。”意在将此诗同翦伯赞相互勉励。在当时险恶的政治环境下，翦伯赞深知《我所认识的蒋介石》的历史价值和现实意义，以及发表后会给自己带来多大灾难。他冒着生命危险，多方联系，终于将《我所认识的蒋介石》一书在香港、上海等地出版。该书的发表在埋葬蒋家王朝的过程中发挥了积极作用。
1948年5月1日，中共中央号召召开新的政治协商会议。翦伯赞5月8日即在《华商报》“目前新形势与新政协”座谈会上做了《拥护新政协的召开》的发言，公开表明坚决拥护中共中央号召的态度。
1948年下半年以来，由于人民解放军惊人的胜利，蒋介石及其部下开始设想重演历史上的南北朝。翦伯赞于1948年冬就此针锋相对地写了一篇《评南北朝的幻想》，以历史学家的身份有理有据地分析了几代南北分治其所以存在的历史条件，指出历史上的南北分治，无一不是种族之间的斗争，是先进文化与落后文化的斗争。而今天却是统一中华大地的解放斗争，是结束反动统治，建立人民当家作主的新中国的斗争。只有将革命进行到底，而绝无南北分治之可能。
1948年9月6日上午，翦伯赞从报上看到冯将军由纽约经苏联归国途中，于9月1日航行于巴统至敖得萨之间的“波贝达号”轮船上不幸因火灾遇难的消息，不禁失声痛哭，茶饭不进。
1948年11月，翦伯赞响应中共党中央的电召，与郭沫若、马叙沦、许广平、曹孟君、侯外庐等20余人乘轮北上，于1949年1月4日，抵达当时党中央所在地石家庄附近的李家庄。北平和平解放后，翦伯赞等随军进城，参加文化接管工作，为建立中华人民共和国而紧张地工作。
蒙冤死去 终得清白
新中国建立后，翦伯赞的政治生涯和史学活动掀起了新的一页，他被任命为中央人民政务院文化教育委员会委员和中央民族事务委员会委员。他起初任燕京大学社会系教授，1952年系调整后，任北京大学历史系教授兼任主任，后又兼任校党委委员、副校长，还兼任中央民族研究部主任、中国科学院专门委员、哲学社会科学学部委员、民族历史研究指导委员会副主任委员、中国史学会常务理事、《历史研究》杂志编委、《光明日报？史学》副刊及《北京大学学报》（科学版）的主编、中缅友协副会长等职；还被选为第一、二、三届全国人民代表大会代表和人大民族委员会委员。此时的翦伯赞的政治地位和社会影响力非常显赫。
50年代初，注解、宣传马列主义、毛泽东思想成为翦伯赞的主要任务，他注解毛泽东的《中国革命和中国共产党》一文的《古代的封建社会》一节，而且还发表有关历史人物评价的名作《关于历史人物评价中的若干问题》；还参加了史学方法论，尤其是对史料问题的讨论；发起组织编纂《中国近代史资料丛刊》，该丛刊卷帙庞大，多达两千多万字，十一个专题，他亲自主编《义和团》（1950年，4册）和《戊戌变法》（1953年，4册）两个专题。同时他还与有志合编了《历代各族传记会编》（两集共三册）和《中外历史年表》。尤其是他在修改《中国史》第三卷初稿时，重新收集、研究各种文献、简牍、敦煌和吐鲁番文书、考古资料等，共一百多万字。翦伯赞以身作则，为史学界正确对待史料的态度树立了榜样，其著作至今仍为研究中国历史的工具书，对中国史料编辑工作做出了巨大贡献。
作为一个少数民族出身的马列主义史学家，翦伯赞不仅在民族史理论研究中颇有开拓，实际工作中也非常重视民族工作和民族研究。在重视民族史研究方面，建国初，翦伯赞参与筹建中央学院（今中央民族大学），并且兼任该校的《中国少数民族史料丛刊》编辑委员会的主任委员，他还呼吁史学工作者要重视民族史史料编纂工作；他还亲自编写了《历代各族传记会编》之一（1958－1959年出版），并在50年代参与策划“少数民族社会历史调查”和“民族史、民族民族自治地方概况”三套丛书的编写工作，这一工作的开展获得了较大成果。同时，翦伯赞还到少数民族地区进行考察访问，并在众多的民族地区的高等学校和学术单位进行座谈和报告、讲演，鼓励少数民族地区利用区域优势大力开展民族历史研究，培养历史研究人才，发展少数民族地方教育事业。如在1961年，翦伯赞亲临内蒙古，并撰写名文《内蒙访古》，他考察当地的历史和文物，概述了历史上绵亘二千多年的十多个北方民族的发展史，并揭开了长城、阴山一带历代出现民族矛盾高潮的秘密，因为那里发生的战争是北方部族从后院走上舞台较量的关键战争，胜利者往往南下而去打开长城的大门。又如在1963年，翦伯赞亲临广西史学会成立大会，翦伯赞所作的报告阐明了“三基”和“四性”问题，指导了广西史学界研究。翦伯赞的这些实际工作，反映其对民族历史和文化教育事业的重视，也体现了其对祖国、对兄弟民族、对社会主义的热爱。
建国以后10余年中，翦伯赞为新中国的马克思主义历史学的建设，为文化、教育事业的发做出了突出贡献，尤其是他在1959年末至1963年初，为捍卫马克思主义的原则，为坚持马克义历史学的科学性，对泛滥的极“左”思潮所进行坚决的斗争。当时“左”倾政治路线直接影响学术界，表现在史学领域中，出现了抽象化、简单化、公式化、绝对化、现代化等错误倾向，马列主义受到严重破坏。在此期间，翦伯赞充分利用其显赫地位，组织推动史学界的纠“左”活动，陆续发表了《关于打破王朝体系的问题》、《目前历史教学中的几个问题》、《对处理若干历史问题的初步意见》、《目前历史研究中存在的几个问题》等一系列文章和讲话，严肃批评极“左”的错向，并在社会上产生巨大反响。正是因为翦伯赞坚持马克思主义理论的立场、观点和方法，反对极左思潮的反马克思主义的错误倾向，触怒了“四人帮”及其爪牙陈伯达、关锋、戚本禹等人，使他受到“四人帮”在学术、政治上的污蔑和围攻。
1965年底，《红旗》杂志发表了戚本禹《为革命而研究历史》一文，不点名地给翦伯赞加上了“反对”马克思主义的罪名，这就为公开地、全面地批判翦伯赞拉开序幕。到了1966年3月24日，戚本禹、林杰、阎长贵三人在《红旗》和《人民日报》同时发表了《翦伯赞同志的历史观点应当批判》文章，给翦伯赞扣上了资产阶级史学的“挂帅人物”的大帽子，还把翦伯赞对中国马克思主义史学理论探讨的重要论著《对处理若干历史问题的初步意见》和《目前历史研究中存在的几个问题》两文，诬陷为“两篇反马克思主义的史学纲领”，诬蔑翦伯赞“以资产阶级老爷式的态度对待史学革命，冷嘲热讽，挖苦打击”，其史学纲领是“老掉了牙的资级历史主义”，企图在政治上置他于死地。
到了6月1日，随着北大聂元梓的大字报的广播，翦伯赞从此被列上众多“罪状”，如“蒋家王朝的忠实走狗”、“破坏伟大的土改运动”、“漏网的资产阶级大右派”、“顽固地反对史学革命”、“疯狂地反对毛泽东思想”、“借古讽今，反党反社会主义”、“推行修正主义的教育路线”、“结党营私，搞资本主义复辟”、“宣扬资产阶级民族主义，挑拨民族关系”、“抗拒无产阶级文化大革命”等，于是，翦伯赞在“文革”中以“资产阶级反动学术权威”的“罪名”被打倒，后又因为坚决拒写诬陷刘少奇同志的黑材料，而遭到林彪、“四人帮”派出的专案组逼供，1968年12月，翦伯赞夫妇双双被迫自杀，造成千古奇冤！
1976年10月，党中央一举粉碎了“四人帮”，结束了长达十余年的“文革浩劫”。1978年6月，在党中央的关怀下，邓小平同志对于翦伯赞同志的冤案，明确批示：“我认为应予昭雪”。同年9月1日，北大党委召开全校落实党的政策大会，“宣布了北京大学党委关于推翻林彪、‘四人帮’代理人在北大制造的‘走资派’、‘资产阶级反动学术权威’错案的决定，关于推翻清队假经验和为受打击的教职工、学生平反昭雪的决定”；同时，为翦伯赞同志昭雪了“十年沉冤”。
1979年2月22日，翦伯赞同志的追悼会在北京八宝山革命公墓隆重举行。在追悼会上，校长周培源致词。致词中概括了翦伯赞同志在无产阶级历史科学战线和无产阶级革命斗争过程中革命的战斗的一生，还有对中国历史科学发展的突出贡献，并明确指出“翦伯赞同志遭受诬陷和迫害是林彪、陈伯达、‘四人帮’制造的重大冤案之一，必须予以昭雪，他们强加给翦伯赞同志的罪名和诬陷不实之词应予推倒，翦伯赞同志的名誉必须予以恢复。”这代表了党和人民对这位无产阶级革命战士和马克思主义史学家一生的公正评价。
