埃玛渴盼地望着父亲，希望父亲能够同意。要知道，埃玛今年已经快30岁了，她拒绝了几个贵族子弟的求婚，一心一意地等达尔文来向她求婚。
乔赛亚看了看紧张的达尔文，再看了看充满期待的埃玛，宽厚地笑了起来。他走到二人中间，拉起他们的手，说：“查理，我其实早就想这么做了，只不过我怕影响你的事业，既然你能提出来，这可是再完美不过了。你和卡罗琳都是我极其喜欢的外甥，如今，我的长子娶了卡罗琳，我的小女又嫁给了你，这可是再好不过了。”
“是吗，乔赛亚舅舅？您真的答应我对埃玛的求婚了？”
“是的，我答应了。语言不能表达我对这个决定所产生的喜悦，我们两家本来就是亲戚，我相信，这一结合将会使我们的子孙后代更加兴旺。我准备拿出5000英镑作为埃玛的嫁妆。埃玛，爸爸可是很疼你的哦！”
埃玛温柔地在乔赛亚的脸颊上亲了一口，又看了看达尔文，满脸荡漾着幸福的微笑。
达尔文在舅舅家呆了两天，帮助舅舅筹备他和埃玛的订婚仪式。
11月11日，在麦尔乔赛亚舅舅家里，在亲戚朋友们的祝福声中，达尔文和埃玛·韦奇伍德订婚了。
觥筹交错中，埃玛拉着达尔文走出了大厅，来到外边小河边柳树下散步。
“亲爱的埃玛，你不喜欢里面欢乐的气氛吗？”
“哦，查理，当然不是。那种气氛是再美好不过了。可是……可是，你知道，你一走就是五年，我很久都没有好好地跟你谈过话了，所以……所以，我想单独和你待一会儿。”
“是啊，我一走就是五年。”达尔文望着眼前的流水，无可奈何时间的流逝。他看着流水中自己的形象，眼角都有皱纹了，昔日那个顽皮的男孩子不见了，只剩下沉稳的举止和睿智的眼神。
“明天你一走，不知又几时能回来。我听姑父和姐姐们说，你连回施鲁斯伯里都不得闲。”
“亲爱的，不要着急，我回去了就找房子，找好了你就搬过来跟我住，然后我们就结婚，永远在一起不分离。”
听了这番话，埃玛靠在达尔文肩头，像是自言自语又像是说给别人听的：“我从来没有见过一个像你这样坦白无私的人，每句话都表达自己真实的思想。你是一个这么温和细腻的人，对你的父亲你的姊妹都是如此，甚至对动物都是十分仁慈。你爱好交谈和交际，不喜欢姐妹们静坐不动或者闭口不谈自己想干什么的真心话。这是个多么令人愉快的人。我知道，尽管你不爱看戏，但是你在合唱队中唱得不差，如果你长期参加合唱，那么你会变成一个钢琴的嗜好者。”听了埃玛的表白，达尔文心中涌起阵阵甜蜜，他将埃玛紧紧地搂进怀里……
小鸟在枝头叽叽喳喳的叫声都停止了，他们好奇地看着这两个亲近的人，似乎也为他们感到幸福。
订婚仪式过后不久，达尔文就回到伦敦，开始在市内寻找婚后用的新宅。为了寻找新居，11月的最后一个星期，达尔文什么都没做，荒废不少读书、研究和著述的时间，不过他认为这是值得的。
功夫不负有心人，达尔文终于在上高卫尔街12号找到了房子，地处伦敦市中心区，是一所狭小的房屋，前后两间。达尔文又忙着购办各种家庭用品，到处奔忙，有时候实在是忙不过来了，就写信给埃玛，请她过来帮忙。
12月6日，新助手埃玛到了达尔文身边，有了助手，达尔文精神大振，两人共商新居和婚期等问题。经过两人的精心策划，小小的爱巢被布置好了，前间为书房兼会客厅，后间是小卧室，背后有长约27米的小花园，可以在那里散步、闲坐和看书等。
1839年1月29日，达尔文和埃玛在麦尔的教堂举行婚礼，此时达尔文接近30岁。埃玛的堂兄约翰·艾伦·韦奇伍德担任新人的主婚牧师。
所有的人都在祝福他们，同时也在谈论他们。
“你了解那位漂亮的新娘吗？”
“你说埃玛·韦奇伍德？”
“难道还有第二个新娘不成？”
“啊，我知道一些。她比查理稍大一些，在1808年5月2日生于麦尔，这是刚才那个牧师说的。她是乔赛亚·韦奇伍德第九个孩子，也是最小的娇女。她从小天资聪颖，勤奋好学，深得父母宠爱。”
“难道她是个经常待在绣楼里面的小姐吗？”
“哦，当然不是。1822年，她在伦敦市内帕丁顿格林区格列佛大厦学校读书两年，能阅读法德意三国文字的书刊，擅长钢琴弹奏，能歌善舞，既会溜冰骑射，而且也精于缝纫女红。自幼常跟随双亲和兄姐等到国外各地旅行游览，见多识广。”
“看起来，她秉性温良贤淑，这下查理可是有福了。”
“有情人终成眷属！”
婚礼后的第二天，两人就同返伦敦新居。乔赛亚送来一架钢琴，祝愿夫妇两人琴瑟和谐，夫唱妇随。老友赫伯特也赠送银质长剪，祝愿他们百年好合，白头到老。
“埃玛，咱俩以后就永远在一起了。”达尔文拥着埃玛深情地说。
“嗯。”
达尔文环顾新居四周，面有愧色地说：“比起麦尔，这里让你受委屈了。”
“你怎么能这样说呢？这所房子多好，在伦敦市区，但是却很安静。”
“你不介意这些非常难看的地毯，还有那些令人发笑的家具吗？”
“不，当然不。它的花园比伦敦大多数住宅的花园都要好一些。咱们两人都是乡下长大的，这里的环境还是可以忍受的。”
“埃玛，没有比你更贤良淑德的人了。我们会有一套更大的房子的，我向你保证！”达尔文信誓旦旦地说。
“我相信你，查理！”
婚后，达尔文在伦敦过着甜蜜安静并且忙碌的生活。他放弃了一切交易会，因为交易会对他们两个人都不适合。如果一个人在伦敦安静下来，那么这种安静是没有任何东西可以与之相比的。城市里的烟雾和大小马车从远处传来的沉闷声响都含有一种庄严的气氛。在这里居住，达尔文感到骄傲。
达尔文很快又投入到地质学的研究当中去了，他继续研写关于珊瑚礁的论文，同时略微研究物种的问题。
在给莱伊尔的信中，达尔文写道：“我最大的愿望就是写好那本讨论地质的书。希望我那本书能在你的新版《地质学原理》问世以前出来。除了珊瑚的理论以外，我想讨论火山的那几章会含有新的事实。最近，我受到了使我怠惰的严重诱惑——那仅就纯粹的地质学方面工作而言，在动物的分类、亲缘关系和本能的讨论中，连续不断地出现了很多新观点，它们同物种的问题有关，这些新观点就是诱惑我的东西。我用笔记本一本又一本地抄满了材料，这些材料已经开始清楚地聚集在一些次级法则的下面。另外，研究动物杂交是我的主要业余嗜好，我确实认为将来我能在那门最复杂的学科中——物种和变异——做出一些事情来。”
埃玛脸容端丽，幼年棕发，柔丝下垂及膝，终生不变。她对丈夫十分温柔顺从，是一个非常称职的妻子。
在生活上，埃玛将家里收拾得井井有条，充满了家的温馨，家务活从来不让达尔文插手，努力给他创造一个美好的工作环境。
在工作上，她协助达尔文抄写稿件，整理资料，有时把国内外书刊和小说等朗读和译解给丈夫听。凡是丈夫不愿听闻的言行，她都闭口不谈，袖手不干。
工作之余，埃玛常常陪同达尔文一块出去散步谈心，疏解他的郁闷和烦恼。有时候达尔文工作累了，她就陪他一起下棋，或者弹钢琴给他听。
随着达尔文的学术声望越来越高，前来拜访他的人也越来越多。频繁的来客使埃玛应接不暇，但是她都面带笑容，十分和善地接待了他们，并且做得有条不紊，分寸得当，常常赢得达尔文朋友们的赞誉。
达尔文在回忆录中说：“埃玛是我最大的幸福，我可以断言，在我一生中，我从来没有听她说过我不愿她说的任何一个字。她永远都是亲切地同情我，每当我健康恶劣或身体不舒服，而发出抱怨的时候，她总是耐心地倾听。我相信她从来没有丢过一个机会为周围的任何人做好事。我对自己有这样好的运气感到惊奇，因为她对我的每一个优良道德品质都无限理解，而同意做我的妻子。她是我一生中明智的顾问和使人愉快的安慰者，如果没有她，我的科学事业必将事倍功半；如果没有她，由于健康的恶劣，我的生活在漫长的岁月里将是凄惨的。她赢得了周围每一个人的钟爱和称赞。”
埃玛自幼熟读《圣经》等书，亦随父母信奉唯一神教，她定期去教堂举行圣礼，有时向达尔文讲述教义，讲的次数多了，就引起达尔文对宗教问题的思考。
在贝格尔舰上的时候，达尔文还持有十分正统的宗教观念，为了说明一个道德问题，他曾经引用圣经作为不可反驳的依据，这引起了船上的几个军官哈哈大笑，尽管那几个军官也拥有十分正统的宗教观念。
现在，达尔文意识到：越是相信自然界的固定法则，奇迹就变得越不可相信。达尔文渐渐变得不相信基督教是一种神的启示，怀疑正以一种缓慢的速率在达尔文心中滋长着，他不相信有一个人性的上帝存在着，按照某一个固定的法则来安排世间万物。
这种怀疑给达尔文带来痛苦，他不敢同妻子谈论这些，怕两人因此生隙。
有一天，达尔文跟父亲说了他的困惑。
“父亲，您是一个医生，难道您也相信有上帝的存在？基督教那些教义让我痛苦极了，他们给我的研究工作带来不便！”
“查理，不管基督教教义正确与否，现在你最好把怀疑小心地隐蔽起来。据我所知，这种宗教分歧在已婚夫妇之间曾引起过极大的不幸！”父亲严肃地说。
“是的，尊敬的父亲。我没有同埃玛谈论过这些事情，我会按照您说的做，以后也不会谈论。”达尔文保证说，同时又有些好奇地问，“您所说的具体指的是什么不幸？”
“在妻子或丈夫的健康没有变坏之前，他们之间的关系处理得很好，可是当健康变坏之后，有些妇女就对丈夫产生了怀疑，因而感到非常痛苦，这也使得丈夫感到非常痛苦。”
达尔文孜孜不倦地工作，同时身体素质也在急速下滑。随着他发表论文的增多，达尔文外出休养的时间也开始增多了。他经常患病，这给他的工作带来了极大的不便，在给福克斯的信中，达尔文伤感地说：“同我过去通常的身体状况相比，现在我长得好像一个迟钝、衰老而又无精打采的家伙了。我时常在麦尔休养，身体很坏，所以什么都不能做，只是阅读一些书，闲散得该受斥骂了。因此，我十分清楚地理解到，闲散无事的生活，是最不能容忍的生活。”
有一次，达尔文患病不能全日工作，竟然长达九个星期。达尔文痛苦极了，埃玛也跟着痛苦。
“查理，你这个样子，我很难过。最让人难过的是，我不能代替你受罪以减轻你的痛苦。”
“亲爱的，你已经做得很好了！”达尔文脸上因为痛苦略微有些痉挛。
“我陪你回施鲁斯伯里去吧，希望尊敬的父亲能给你一些帮助。”
埃玛陪同达尔文一起回到施鲁斯伯里老家。
