八国联军入侵北京，大肆烧杀掳掠。事后，编修官刘廷琛上疏参劾礼部尚书孙家鼐失职，孙坦然受之。以后，光绪皇帝下诏令大臣荐举御史，孙独保刘，并称：“往日他以大义责我，故知他忠鲠必不负国。”张百熙任京师大学堂管学大臣时，十分注意延揽人才，经多方寻觅，决定聘任桐城派领袖人物吴汝纶为大学堂总教习。张称吴“学问纯粹，时事洞明，淹贯古今，详悉中外，足当大学堂总教习之任。”向朝廷专折举荐，加五品卿衔。但吴却不愿受命。张便着大礼服，匍匐跪请于吴前，说：“吾为全国求人师，当为全国生徒拜请也。”并答应了吴先往日本考察学制三个月，再归以报命的请求。吴才答应接受聘任。
1904年2月，日、俄两国在中国辽东半岛爆发战争，清政府竟宣布中立。京师大学堂学生义愤填膺，爆发拒俄运动。慈禧太后勃然大怒，认为这是大逆不道的行为，遂令京师大学堂官学大臣张百熙，严惩带头闹事的学生。张却认为学生的行为实属爱国，便对学生网开一面，不予追究，并在学生上管学大臣的信函中批示道：“本大臣视诸生如子弟，方爱惜之不暇，何忍阻遏生气，责为罪言！”还建议学生以后讨论国家大事，如果确有见地，可以随时写成论文，呈交他批答，以增长学识。严复任安徽高等学堂监督时，主持预备班学生的淘汰考试，在复查学生的试卷时，发现一篇佳作被汉文教习斥为“悖谬”，只给了40分。严对此文十分欣赏，动笔为之稍加润色，便成上乘之作；又自己出钱，奖赏该生10元，以资鼓励。甚至还遗憾自己的女儿太小，不能许配给该生。
蔡元培追述他在北大的治校经验时说：“我对于各家学说，依各国大学通例，循思想自由原则，兼容并包。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听他们自由发展。”蔡元培说：“近代思想自由之公例，既被公认，能完全实现之者，厥惟大学。大学教员所发表之思想，不但不受任何宗教或政党之拘束，亦不受任何著名学者之牵掣。苟其确有所见，而言之成理，则虽在一校中，两相反对之学说，不妨并行，而一任学生之比较而选择，此大学之所以为大也。”蔡元培认为，思想自由，就是在学术问题上，？一己之学说，不得束缚他人；而他人之学说，亦不束缚一己。诚如是，则科学、社会学等，将均任吾人自由讨论矣。”1917年，蔡元培从欧洲访问归来，出任北大校长。梁漱溟拿着自己的论文《穷元决疑论》登门求教。蔡告知：“我在上海时已在《东方杂志》上看过了，很好。”让梁没有想到的是，蔡接着提出请他到北大任教并担任“印度哲学”一门课程。梁大吃一惊，谦虚地表示，自己何曾懂得什么印度哲学呢？印度宗派那么多，只领会一点佛家思想而已，“要我教，我是没得教呀！”蔡回答说：“你说你不懂印度哲学，但又有哪一个人真懂得呢？谁亦不过知道一星半点，横竖都差不多。我们寻不到人，就是你来吧！”梁总不敢冒昧承当。蔡又申说：“你不是喜好哲学吗？我自己喜好哲学，我们还有一些喜好的朋友，我此番到北大，就想把这些朋友乃至未知中的朋友，都引来一起共同研究，彼此切磋。
你怎可不来呢？你不要是当老师来教人，你当是来共同学习好了。”蔡的这几句话深深打动了梁，他便应承下来。
1919年4月1日，蔡元培在答复林纾的责难信中说，他选择教员的标准是以学问为主，“教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾、狎妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。”朱海涛曾如此描述老北大时期的自由风气：“你爱住在学校里，可以（只要你有办法弄到房子）；你爱住在家里，也可以；你爱和你的爱人同住在公寓里，更可以。你爱包饭，可以；你爱零吃，也可以；你爱吃一顿面，再吃一顿大米加包子，更可以。推而至于：你爱上课，可以；你不爱上课，也可以；你爱上你爱上的课而不爱上你不爱上的课，更是天经地义的准可以！总之，一切随意。”老北大时期，北大课堂极为开放。朱海涛就说当时最痛快的事情就是到北大来求师。他说：“北大的学术之门是开给任何一个愿意进来的入的。在这一点上，我觉得全国只有北大无忝于‘国立’两个字。只要你愿意，你可以去听任何一位先生的课，绝不会有人来查问你是不是北大的学生，更不会市侩也似的来向你要几块钱一个学分的旁听费。最妙的是所有北大的教授都有着同样博大的风度，绝不小家子气地盘查你的来历，以防拆他的台。因此你不但可以听，而且听完了，可以追上去向教授质疑问难，甚至长篇大论地提出论文来请他指正；他一定很实在地带回去，很虚心地看一遍（也许还不止一遍），到第二堂带来还你，告诉你他的意见。甚至因此赏识你，到处为你揄扬。这种学生是北大极欢迎的。虽然给了个不大好听的名称——‘偷听生’。”因此，在沙滩红楼一带，就形成了一种“浓厚而不计功利的学术风气”。
五四运动过后，无政府主义在北大盛行，1920年创刊的《北京大学学生周刊》便出一期“教育革命专号”，主张北大既为学术，则不必考试。所登文章主张“把考试的‘笔’抛去”，认为“考试是一种最坏的制度，等于摧花的风，啮果的虫”。在校内产生极大影响。蔡元培则答复：考试确有甚多坏处，但合理的考试还是必要的。解决的办法是：考试废除与否，“则以要不要证书为准，不要证书者废止试验，要证书者仍须试验”。当时的学生朱谦之、缪金源等17人接受这一办法，自由听课不要文凭。后来《北京大学日刊》公布了这17人的名单，当时同学戏称他们是北大的“自绝生”。这一公文是由蒋梦麟代校长签署的，在上面还称朱谦之为“谦之先生”。梁漱溟称：“这位校长未免太客气了吧！”有一年，北大招生考试阅卷完毕。胡适在招生委员会上说：“我看了一篇作文，给了满分，希望能录取这名有文学天才的考生。”校长蔡元培和其他委员都同意了。最后翻阅这名考生的成绩，发现数学是零分，其他各科的成绩都很一般。但蔡、胡等人都无反悔之意。事后才知，这名被破格录取的学生就是罗家伦。
老北大时期，课堂上一直遵循“来者不拒，去者不留”的传统。
当时在北大旁听和“偷听”课的学生很多，旁听生是指没有选这门课的北大学生，偷听生则根本就不是北大学生。有一次，胡适在课堂上问：“你们哪位是偷听生？没关系，能来偷听更是好学之士。听我的课，就是我的学生。我希望你们给我个名字，是我班上的学生。”胡的一番言语让所有的偷听生都大受感动。胡对偷听生的态度和做法很能反映北大当时的“兼容并包”的学风。
一日，胡适上课，提到某小说，说“可惜向来没有人说过作者是谁”。有一学生马上站起来，说：“不对。有人说在什么丛书里的什么书中见过。”胡适又惊又喜，以后上课，逢人便说：“北大真不愧为大。”据张中行回忆，老北大时期，有一次师生汇聚一堂，就佛学专题展开讨论。胡适发言很长，正在讲得津津有味的时候，一个姓韩的学生气冲冲地站起来，不客气地说：“胡先生，你不要讲了，你说的都是外行话。”胡答道：“我这方面确是很不行。不过，叫我讲完了可以吗？”在场的入都说，当然要讲完。张中行分析说：“因为这是红楼的传统，坚持己见，也容许别人坚持己见。深究起来，韩君的主张是外道，所以被否决。”有一次，北大学生因为学校派代表去南京聆听蒋介石的训话而罢课。蒋梦麟校长召集全体学生开会，劝学生复课。胡适继蒋之后发言，苦口婆心地劝导学生，遭到了很多学生的反对，在台下起哄，要给胡难堪，但胡丝毫不以为忤，让北大学生充分认识到了胡的“能容”。当时的学生朱海涛记下了这一幕：“就在蒋校长那次召集的学生大会上，我们见到适之先生的气度和他那种民主精神。当时他继孟邻先生（即蒋梦麟）之后上台训话，一开口，台下就起了哄。反对他的（多半是左倾学生），用喧闹、踏脚、嘶叫来盖他的演讲。拥护他的（多半是右派）用更高的声音来维持秩序，来压制反对者的喧哗。顿时会场上紧张起来，形成了对垒的两派，他的声浪也就在这两派的叫嚣中起伏着，断断续续地送入我们的耳鼓。这是篇苦口婆心的劝导，但反对他的那些年轻人却红着脸，直着脖子，几乎是跳起来地迎面大声喊道：‘汉奸！’他也大声，正直而仍不失其苦口婆心地答道：‘这屋子里没．有汉奸！’终其演讲，这些年轻人一直在给他当面难堪，而他始终保持着热心诚恳、恺悌慈祥的声音态度。”朱海涛感慨地说：“这天给我的印象极深，我看到了一个教育家的气度，应当是多么大！我也看到了适之先生的‘能容’。”据邓嗣禹回忆，胡适任北大校长时，校长办公室就几乎等于教职工的俱乐部，全校教授，皆可进见校长，不必预先约定时间。有一次，邓去造访胡，“一进室内，工友照例倒茶，其中已有数人在座，彼此随便谈天，开玩笑，胡适亦参加闲谈，并略言及徐志摩跟陆小曼的恋爱故事。”邓看到此番场景后，莫名其妙，觉得校长办公室“就好像香港广东饮茶的地方”，然后深叹胡适作风之平和民主。
中文系有一讲师，姓缪名金源，极怪异，因受胡适赏识而留校教大一国文。缪第一节课给学生介绍参考书说：第一，《胡适文存一集》；第二，《胡适文存二集》；第三，《胡适文存三集》；第四，《胡适文存四集》。他虽讲课不错，但如此开列参考书，学生自然不满，于是派代表面见胡适：“缪先生教的不行，思想太落后了，还留在五四时代。”胡适闻言大怒，拍着桌子说：“什么是五四时代？你们懂什么？太狂妄了！缪先生是好老师，不能换！”学生只好败兴而归。
沈从文在北大课堂上说：“胡适之先生的最大的尝试并不是他的新诗《尝试集》。他把我这位没有上过学的无名小卒聘请到大学里来教书，这才是他最大胆的尝试！”五四时期，胡适提倡白话文，章士钊则坚持文言文，观点针锋相对。1923年，章发表《评新文化运动》，批驳白话文，引起新文学界的强烈反对，鲁迅、周作人、郁达夫、成仿吾等纷纷著文反驳。其时胡适正在杭州养病，潘大道去看望，章让潘带口信说他给胡出了一个新题目，务必请胡著文应答。胡毫不客气地告诉潘：“请你告诉行严（章士钊的字），这个题目我只好交白卷了，因为行严那篇文章不值得一驳。”潘问：“‘不值一驳’，这四个字可以老实告诉他吗？”胡说：“请务必达到。”不久，胡回到上海，受邀同时和章在一位朋友家聚餐，席间，胡方知潘碍于情面，并未将自己的话向章如实转告。于是，胡便当众宣称章的《评新文化运动》“不值一驳”。章闻言，毫不在意，照样谈笑风生。散客后，朋友对胡说：“行严真有点雅量，你那样说，他居然没有生气。”1932年8月，国民党当局以“危害民国罪”逮捕了陈独秀。第二年3月，苏州高等法院对陈进行公开审判。陈的好友、全国知名的大律师章士钊知道陈请不起律师，便自告奋勇出庭免费为陈辩护。此前，因章参与“三一八”案，陈已与章断交。但章的一片热心让两人重新和好。当日在法庭上，陈慷慨陈词，发表了自撰的辩诉状，洋洋数千言，引经据典，文言与白话并用，证明自己无罪。陈讲完后，章以律师身份为陈辩护，其词5000余言，侧重法理，逻辑性很强。条条针对审判长的讯词，逐一辩驳。最后认为从为国家保存读书种子的角度出发，法院应该宣判陈无罪。章的陈述，在情在理，但与陈的政治主张有所出入，让陈很是不满。章刚一讲完，陈就站起来声明：“章律师的辩护，只代表他自己的意见。我的政治主张，要以我的辩护词为准。”章未曾料到，自己绞尽脑汁所做的辩护，竟然被陈一口否决，这让他感到十分尴尬，但又能够理解。有人事后问起此事，章却并无多少怨言，只是笑言：“我弱冠以来交友遍天下，惟有三人难交，陈仲甫便是其中之一。但是，大家相知有素，朋友关系始终如初，故而从无诟谇。”陈原被判处有期徒刑13年，后又改判为8年。章的出庭辩护在其中起到了一定的作用。
